M&Aの株式譲渡で消費税はかかる？非課税の理由と課税されるケース、計算・仕訳方法を解説

多額の資金が動く株式譲渡では、少しでも税金を節税したいものです。株式譲渡を行った際、消費税は基本的に非課税ですが、ケースによっては課せられることがあります。

消費税が課税されるケースには、株式の金額が高額である場合や頻繁に売り買いを繰り返している場合などがあげられます。また、株式譲渡ではなく事業譲渡を選択した場合は消費税が発生します。

消費税が課税されるかどうかの判断には、税金の仕組みが関与しています。ここでは、株式譲渡の際の消費税が非課税である理由や、課税されるケースについてみていきましょう。

株式譲渡とは、売り手が保有する株式を買い手に譲渡することで、会社の経営権を移転させるM&Aの手法です。

会社の議決権は株式の保有割合に応じて与えられ、過半数を取得すれば取締役の選任・解任など普通決議を、3分の2以上を取得すれば定款変更や合併など重要な特別決議を単独で可決できます。この仕組みを利用し、経営権をスムーズに承継させることが可能です。

株式譲渡は、事業譲渡など他のM&A手法に比べて手続きが比較的簡便で、許認可の再取得が不要なケースが多いといったメリットから、特に中小企業のM&Aで広く活用されています。
 

M&Aの手法のうち、株式譲渡は消費税が非課税となります。

消費税は、国内において事業者が事業として対価を得て行う資産の譲渡やサービスの提供などに課される税金です。しかし、土地や有価証券、支払手段などの譲渡は、その性質から消費に馴染まないため、非課税取引と定められています（消費税法第6条、別表第一）。

消費税法上の取引は「課税取引」「非課税取引」「不課税取引」の3つに分類されますが、株式譲渡はこのうち「非課税取引」に該当します。株式の売買は、単なる価値の移転、すなわち「資本の移転」とみなされるため、消費税の課税対象にはなりません。
 

株式譲渡は消費税が非課税とされる一方で、事業譲渡には消費税がかかります。これには消費税が課せられる仕組みが関係しています。

消費税には課税の条件があり、国内の取引であること、事業者が対価を得るために行うこと、など複数の条件を満たすと課税対象になります。

個人が株式を売買するときは消費税はかかりませんが、事業者が事業として株式を取引すると課税対象になります。

株式譲渡は個人である株主が株式を売るのに対し、事業譲渡は法人である会社が株式の売り手となるため、消費税の対象となります。

そのため、株式譲渡の売り手側が個人であれば課せられるのは所得税のみですが、事業譲渡の場合は法人税と消費税が課せられるため、税金の面では株式譲渡より負担が大きくなります。

株式譲渡は基本的に消費税が課せられないため、税制面で優れたM&Aの方法と思われるかもしれません。実は、株式譲渡でも消費税が発生する場合があります。

株式や小切手など財産的価値のある証券のことを、有価証券と呼びます。有価証券を売ったり買ったりすることは、非課税取引となり消費税は発生しません。

しかし、取引する有価証券があまりに高額である、もしくは少額でも何度も売買を繰り返していると、控除しきれなかった消費税を支払うことになります。

株式譲渡の際の消費税は計算する際に、課税売上割合という数値を求めます。この課税売上割合には、数値が低いほど消費税の額が増えるという特徴があります。ここでは課税売上割合とは何か、消費税との関係は具体的にどういうものかを見ていきます。

課税売上割合とは、その課税期間中の総売上高（課税売上高＋非課税売上高）に占める課税売上高の割合を示す数値です。

この課税売上割合が95%以上であり、かつその課税期間の課税売上高が5億円以下である場合には、仕入にかかった消費税の全額を控除できます（全額控除）。

しかし、課税売上割合が95%未満、または課税売上高が5億円を超える場合は、個別対応方式または一括比例配分方式で控除額を計算する必要があり、結果として消費税の納税額が発生することがあります。このルールは2024年現在も適用されています。
 

課税売上割合が高いと消費税は控除され、低いと控除しきれず支払いが発生する関係にあります。課税売上割合を高くするには、非課税売上高である株式の取引額を少なくすることが必要です。

一度の株式の取引額を少なくする他に、頻繁に売り買いをしないことも節税対策になります。

• 課税売上割合が高いほど消費税は少額、低いほど消費税が高額に
• 課税売上割合を高くするには、非課税売上高である株式の取引額を少なくする必要がある
• 課税売上割合が95%以上だと消費税は控除される。95％以下なら控除しきれない消費税が発生する

株式譲渡した際に発生する消費税の計算方法は、下記のようになります。

• 課税売上割合=課税売上高 /(課税売上高+非課税売上高)

株式譲渡を行う際には、消費税だけでなく他の税金も関係します。ここでは、売り手と買い手の立場から、それぞれどのような税金が発生するのかを解説します。

個人株主が株式を譲渡して利益（譲渡所得）を得た場合、その利益に対して所得税（15%）、復興特別所得税（0.315%）、住民税（5%）が課されます。これらを合計した税率は20.315%です。譲渡所得は他の所得とは合算せずに計算する「申告分離課税」が適用され、確定申告によって納税します。

法人株主が株式を譲渡して利益（譲渡益）を得た場合、その利益は他の事業利益と合算され、法人税等の課税対象となります。法人税等の実効税率は会社の規模や所得によって異なりますが、一般的に約30%程度です。個人の場合と異なり、株式の譲渡益だけを分離して計算することはありません。

株式譲渡において、買い手側には原則として税金はかかりません。株式は不動産取得税のような取得時に課される税金の対象外だからです。ただし、買い手が売り手の親族で、著しく低い価額で株式を譲り受けた場合などは、贈与税が課される可能性もあるため注意が必要です。
 

株式譲渡をする際に、消費税の仕訳や会計処理はどうなるのでしょうか。株式を仕訳する際は、勘定科目を有価証券などにしますが、有価証券の売買で発生する仕訳や会計処理には独自のルールがあります。

現金と違い、株式は売買により価値が変動するという性質を持っています。同じ金額で手に入れた株式でも、売却時の価格によって利益を得ることもあれば、損益を出してしまうこともあります。

このことから、有価証券を仕訳・会計処理する際は有価証券売却益と、有価証券売却損という勘定科目を使用します。

有価証券売却益とは、株式などの有価証券を売り買いすることによって出た利益のことです。例えば、株式を10,000円で購入して、購入したのと同じ決算期に株価上昇によって現金11,000円で売却した場合、仕訳は以下の通りです。
 

有価証券売却損とは、株式などの有価証券を売り買いすることによって出た損失のことです。

先程の例と同じように、株式を10,000円で購入して、購入したのと同じ決算期に株価下落によって現金9,000円で売却した場合、仕訳は以下の通りです。
 

有価証券の取引の記入例が理解できたところで、次は株式譲渡の消費税や手数料の仕訳についてみていきましょう。

次に、株式譲渡にかかる手数料とそれに伴う消費税の仕訳について見ていきましょう。

仕訳を行う際、勘定科目ごとに消費税の課税・非課税を判断する必要があります。株式（有価証券）の売買自体は非課税取引ですが、証券会社やM&A仲介会社に支払う売却手数料は課税対象となります。


例えば、8,000円で購入した有価証券を10,000円で売却したときの売却手数料を1,000円とし、消費税や手数料を貸借対照表に反映させると以下のようになります。

株式は有価証券とも呼ばれ、有価証券の譲渡の際は消費税が非課税になること、ケースによっては課税されること、また消費税の計算方法や仕訳がわかりました。

ここでは、株式譲渡の消費税に関する重要ポイントをまとめていきます。

1. 有価証券の譲渡は基本的に非課税
2. 課税売上割合が低くならないようにする

株式などの有価証券の譲渡は、基本的に消費税が非課税となりますが、ケースによっては課税される場合があります。

課税されるケースとして、株式譲渡ではなく事業譲渡する場合、株式譲渡でも課税売上割合が低くなってしまった場合が挙げられるので、注意が必要です。

株式譲渡で消費税を非課税にするには、課税売上割合が低くならないようにします。課税売上割合は、課税売上高と非課税売上高を合計したものから、課税売上高が占める割合を求めたものです。

よって非課税売上高の額が大きくなりすぎないよう、課税売上割合が95%以上を維持できるように配慮することが重要です。これにより、一定の条件下で仕入税額の全額控除が可能となり、消費税の納税負担を抑えることができます。
 

株式譲渡する際の消費税は基本的に非課税ですが、ケースによっては課税されることがわかりました。株式譲渡は多額の現金をやり取りするため、少しの条件の差が大きな税額の差となります。

できるだけ節税したいところですが、株式譲渡は税の制度が複雑なので、専門家に相談するのが良いでしょう。

M&A総合研究所にはM&Aに関する知識・経験が豊富なアドバイザーが多数在籍しており、培ってきたノウハウを活かしてM&Aをフルサポートいたします。

料金体系は成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です。（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）

無料相談をお受けしておりますので、株式譲渡をご検討の際は、お気軽に電話やメールでご連絡ください。

株式譲渡の際の消費税は基本的に非課税ですが、ケースによって課税されることがあります。株式譲渡の際の消費税が非課税なのは、株式譲渡は売り手が個人であり、消費税が課せられる条件を満たしていないためです。

M&Aの他の手法である、事業譲渡は売り手が法人となるため、消費税が課せられます。また、株式譲渡でも課税売上割合が低い場合は消費税が発生します。

課税売上割合と消費税の関係

• 課税売上割合が高いほど消費税は少額、低いほど消費税が高額に
• 課税売上割合を高くするには、非課税売上高である株式の取引額を少なくする必要がある
• 課税売上割合が95%以上だと消費税は控除される。95％以下なら控除しきれない消費税が発生する

株式譲渡した際に発生する消費税の計算方法

• 課税売上割合=課税売上高 /(課税売上高+非課税売上高)

株式譲渡の消費税の仕訳・会計処理

• 有価証券売却益とは、株式などの有価証券を売り買いすることによって出た利益で、仕訳では貸方の側に記入
• 有価証券売却損とは、株式などの有価証券を売り買いすることによって出た損失で、仕訳では借方の側に記入
• 貸借対照表の中で、売却手数料には10％の消費税が課せられるため、売却手数料は勘定科目を支払手数料、消費税は仮払消費税として、借方側に記入する

株式譲渡の消費税に関するまとめ

1. 有価証券の譲渡は基本的に非課税
2. 課税売上割合が低くならないようにする

株式譲渡の際の消費税や仕訳方法についてご説明してきましたが、株式譲渡の税金は仕組みが非常に複雑であるため、個々のケースに対応するには、まず一度専門家に相談することをおすすめします。