M&Aの事業譲渡における登記を解説！必要な手続き・不要なケース・費用まで網羅

事業譲渡とは、株式ではなく事業資産を売買するM&A手法です。事業資産とは、事業で使うオフィスや店舗・工場などの不動産、商品の在庫や原材料・備品、働いている従業員など、事業を営むのに必要なあらゆる資産を指します。

下の図の例では、A会社が営んでいたA事業をB会社へ売却し、B会社は対価としてA会社へ現金を支払います。

事業譲渡後もA会社はB会社の子会社とはならず、独立した企業として存続します。事業譲渡は会社の買収ではないので、お互いの企業の独立性を保ったまま行えるのが特徴です。

事業譲渡は売りたい事業だけを譲渡できるなど便利な点がありますが、必要な登記が株式譲渡とは違ってくるなどの注意点もあります。

この章では、そもそも登記とは何か、そして事業譲渡と登記の関係について解説します。

登記とは、権利・財産の内容や所有者、企業情報などを一般に知らしめるための制度です。例えば、不動産を購入した時はその旨を登記することで、確かにその不動産が自分のものであることを示すことができます。

登記制度がなければ、もし自分の不動産を他人が勝手に占拠して所有権を主張したとしても、確かにこの不動産は自分のものであることを示す方法がなくなってしまいます。

しかし登記制度があれば、このようなトラブルがなく権利を守って安全な取引ができるようになります。

登記にはさまざまな種類がありますが、事業譲渡では主に商業登記と不動産登記が関係してきます。

登記を怠っても直ちに罰則が科されるわけではありませんが、権利関係を第三者に対して主張（対抗）できなくなるという重大なリスクが生じます。

例えば、不動産の所有権移転登記をしないままでいると、元の所有者（譲渡企業）がその不動産を第三者に二重譲渡した場合、先に登記を備えた第三者に所有権を奪われる可能性があります。

「手間や費用がかかる」という理由で登記を怠ると、後々より大きなトラブルに発展しかねません。事業譲渡を安全に完了させるためにも、必要な登記は速やかに行うことが極めて重要です。
 

事業譲渡では、オフィスや店舗などの不動産を譲渡することが多いので、その場合は、不動産や土地の所有権が譲渡企業から譲受企業に移ったことを登記しなければなりません。これを所有権の移転登記といいます。

登記をしておけば、もし所有権について法的に争うような事態になっても、公的に所有権を主張することができます。

不動産を売却したのに移転登記をせず、その不動産をまた別な買主に売却してしまうといった、悪質な売主もいるといわれています。こういったトラブルを避ける意味でも、不動産の移転登記は重要です。

商業登記とは、社名（商号）や所在地、役員の氏名・住所といった会社に関する重要事項を公示するための制度です。これらの情報に変更が生じた際には、変更登記を行う必要があります。

事業譲渡は、あくまで事業資産の売買であり、譲渡企業・譲受企業それぞれの会社情報が直接変更されるわけではありません。そのため、事業譲渡そのものを原因とする商業登記は原則として不要です。

ただし、事業譲渡を機に譲受企業が商号を変更する、本店を移転する、あるいは役員が交代するといった場合は、別途、商業登記の変更手続きが必要になる点を押さえておきましょう。
 

事業譲渡で不動産を譲渡した場合は、不動産の所有権移転登記を行う必要があります。所有権移転登記は司法書士に依頼することが一般的ですが、行える知識があるなら自分で登記すれば司法書士への依頼料を節約できます。

また、たとえ司法書士に依頼する場合でも、登記の大まかな流れを知っておくことは有益です。ここでは、所有権移転登記の必要書類と登記の手順を解説します。

所有権移転登記に必要な主な書類は以下のとおりです。事案によって追加の書類が必要になる場合もあるため、事前に法務局や依頼する司法書士にご確認ください。

なお、現在は法務局の「登記・供託オンライン申請システム」を利用した電子申請も可能です。司法書士に依頼する場合は、これらの書類に加えて委任状が必要となります。


【所有権移転登記に必要な書類一覧】

1. 登記申請書
2. 登記識別情報
3. 印鑑証明書
4. 住民票または住所を証明する書面
5. 固定資産税評価証明書

所有権移転登記の流れは以下のようになります。自分で手続きをするなら、流れをしっかり把握して不備がないようにしておく必要があります。

【所有権移転登記の流れ】

1. 登記申請書の作成
2. 必要書類の準備
3. 申請書の提出
4. 登記所による審査
5. 登記識別情報・登記完了証の受け取り

まずは登記申請書を作成します。作成は司法書士に任せれば安心ですが、作成方法が分かるなら自分で作成することもできます。

自分で作成する場合は、法務局のホームページから様式や記載例をダウンロードするとよいでしょう。

登記申請書は、不動産番号や所在、申請人の氏名や連作先などを記入するくらいで、作成にそこまで時間がかかるものではありません。

登記申請書を作成したら、次は登記識別情報や印鑑証明書といった、前節で解説した必要書類を準備します。

登記を完了した時に届く「登記完了証」を、登記識別情報と間違えることがあるので注意が必要です。

登記識別情報は、一度紛失すると再発行できません。もし紛失した場合は、登記識別情報の失効の申出をしたうえで、事前通知制度などを利用することになります。

固定資産税評価証明書は、自治体によって入手できる場所が異なる場合もあります。基本的には税事務所や市区町村役場、区役所で入手できますが、コンビニで取得できる自治体もあります。

申請書と必要書類が準備できたらそれを登記所へ提出します。申請書の提出は、その不動産の管轄ではない登記所でも受け付けてもらえます。

申請書の提出期限は特に定められていませんが、不動産の譲渡を行ったらできるだけ速やかに提出したほうがよいでしょう。

申請書と必要書類を提出すると、次は登記所による審査が行われます。内容に不備があると訂正や再提出を求められ、手続き完了までに余計な時間がかかってしまいます。

このような無駄を避けるためにも、提出の際に申請書・書類に不備がないかきちんと確認しておくことが大切です。

申請書・書類の内容に問題がなく、審査に通ると登記完了となります。登記完了後は、登記識別情報と登記完了証を受け取ります。

事業譲渡では不動産を移転することが多いですが、不動産登記の際には「登記原因証明情報」というものを提出する必要があります。

初めて手続きする方にとっては、登記申請と登記原因証明情報の違いや、何のために必要なのかが分かりにくい部分があります。

司法書士にサポートしてもらうと安心ですが、もし自分で登記をするなら、登記原因証明情報についてきちんと理解しておかなければなりません。

登記原因証明情報とは、登記の原因となった事実や法律行為（この場合は事業譲渡契約に基づく不動産の売買）を証明するために法務局へ提出する書面です。これにより、登記官は登記内容の正当性を確認します。

一般的には、司法書士が売買契約書の内容に基づき、登記申請に必要な情報を抜粋して作成します。

売買契約書そのものを提出することも可能ですが、契約書には取引価格など、登記に直接関係のない機密情報も含まれています。登記原因証明情報は誰でも閲覧できるため、契約書をそのまま提出すると、これらの情報が第三者に知られてしまうリスクがあります。そのため、通常は必要な情報のみを記載した登記原因証明情報を別途作成します。
 

登記原因証明情報は2005年の法改正でできた制度で、それ以前は登記原因証書と呼ばれていました。

登記原因証書は法務局が保管せず、手続きが終わるとそのまま登記名義人に返却されていたため、登記の事実が確かなものであることを保証するという点で問題がありました。

一方、新しい制度では、登記原因証明情報を法務局が保管するので登記の事実がより確かなものになり、さらに利害関係人が閲覧できることで取引の安全性も担保されるようになりました。

事業譲渡で不動産の所有権移転登記を行う際には、主に「登録免許税」と「司法書士への報酬」という2つの費用が発生します。ここでは、それぞれの費用の内訳と、手続き完了までにかかる期間の目安を解説します。
 

登録免許税は、登記手続きを行う際に国に納める税金です。不動産の所有権移転登記の場合、税額は「不動産の固定資産税評価額 × 税率」で計算されます。土地の売買による所有権移転登記の登録免許税率は本則2.0%ですが、租税特別措置法により**2026年3月31日まで**は1.5%の軽減税率が適用されます。

建物については、原則2.0%ですが、一定の要件を満たす居住用家屋などでは軽減措置が適用される場合があります。

登記手続きは専門的な知識を要するため、司法書士に依頼するのが一般的です。その際に支払うのが司法書士報酬です。

報酬額は事務所や案件の難易度によって異なりますが、不動産の所有権移転登記の場合、一般的に5万円～15万円程度が相場とされています。複数の事務所から見積もりを取り、比較検討すると良いでしょう。

登記申請から登記が完了するまでの期間は、法務局の混雑状況や申請内容によって変動しますが、一般的には申請後1週間から2週間程度が目安です。ただし、書類に不備があった場合はさらに時間がかかるため、余裕を持ったスケジュールで進めることが重要です。完了後は、登記識別情報通知書と登記完了証が交付されます。

事業譲渡は株式譲渡と違って事業資産を譲渡するので、売り手と買い手が合意するなら余計な負債を引き継がないことも可能です。必要な資産だけ譲受できるのは、事業譲渡の大きなメリットだといえます。

しかし、会社法では、事業譲渡で商号を引き継いだ場合は、その事業に関する負債も引き継がなければならないと定められています。

事業譲渡では、売り手の商号の知名度やブランド力が欲しいことも多いので、商号を引き継いだ後で想定外の負債を背負って困ることのないようにしなければなりません。

この章では、事業譲渡で商号を引き継いだ際に行う免責登記について、その内容と流れ、注意点を解説します。

事業譲渡における免責登記とは、買い手が売り手の商号を引き継いだ時に、事業に関連する負債を弁済しなくてよいとする登記のことです。

会社法では商号を引き継いだ場合は負債の弁済義務を負うとされますが、免責登記をすればそれを免除できます。

免責登記の手続きの流れは、必要書類の準備と登録免許税の支払いです。

【免責登記の流れ】

1. 必要書類を準備
2. 登録免許税の支払い

免責登記をするためには、まず必要書類を準備します。必要書類は譲渡企業に関するもので、承諾書や印鑑証明、登記簿謄本が必要になります。

ただし、印鑑証明と登記簿謄本は、譲渡企業と譲受企業の管轄法務局が同じ場合は不要です。また、譲渡企業から会社法人等番号を提供してもらえば、登記簿謄本の提出は不要となります。

【免責登記の必要書類】

1. 譲渡企業の承諾書
2. 譲渡企業の印鑑証明書
3. 譲渡企業の登記簿謄本

必要書類を提出し登記が完了したら、登録免許税を支払います。免責登記の登録免許税は3万円です。

事業譲渡では、商号は引き継がず屋号だけ引き継ぐこともあり、免責登記をすべきなのか判断が難しいケースがあります。

過去の判例では、屋号だけ引き継ぐ場合でも譲受企業は負債の弁済義務を負うとされているので、屋号だけ引き継ぐ場合でも免責登記はするべきといえるでしょう。

このように、事業譲渡で商号や屋号を引き継いだ時の負債の弁済義務については、全てにはっきりとした基準があるわけではなく、過去の判例をもとにケースバイケースで対応する部分が出てくることもあります。

よって、事業譲渡で免責登記をすべきかどうかの判断は、司法書士など専門家の判断を仰ぐことが大切です。

また、免責登記は譲渡企業が認めないと行えないことも、当然ながら注意点となります。買い手の都合だけで自由に免責登記できるわけではないので、事業譲渡では売り手としっかり交渉することが大切になります。

事業譲渡は株式譲渡より手続きが複雑になることが多く、さまざまな登記手続きも必要になります。よって、事業譲渡でM&Aを行う際は、専門の仲介会社のサポートを得ることが不可欠です。

M&A総合研究所は、売上規模一億円から数十億円程度の、中堅・中小企業M&Aを主に手がけている仲介会社です。事業譲渡を始めとするM&A経験豊富なアドバイザーが、クロージングまでトータルにサポートいたします。

当社では、適正な譲渡金額や譲渡可能性を正直に話すことで、経営者様の満足度の高い事業譲渡・M&Aを目指します。

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事業譲渡は事業資産を売買する関係で、株式譲渡とはまた違った登記が必要になります。事業譲渡ではどのような登記が必要なのか把握して、スムーズな事業譲渡が実現できるようにしましょう。

【所有権移転登記に必要な書類一覧】

1. 登記申請書
2. 登記識別情報
3. 印鑑証明書
4. 住民票または住所を証明する書面
5. 固定資産税評価証明書

1. 登記申請書の作成
2. 必要書類の準備
3. 申請書の提出
4. 登記所による審査
5. 登記識別情報・登記完了証の受け取り

1. 必要書類を準備
2. 登録免許税の支払い

1. 譲渡企業の承諾書
2. 譲渡企業の印鑑証明書
3. 譲渡企業の登記簿謄本