M&Aの株式譲渡でかかる住民税はいくら？計算方法・申告手続き・注意点を網羅的に解説

株式譲渡が意味するのは、言葉そのままに株式を第三者に譲り渡すことです。言語的には対価のあるなし、どちらも含めた表現ではありますが、対価を伴わない株式譲渡であれば、株式贈与、株式の無償譲渡と呼称するのが一般的でしょう。

従って、通常、株式譲渡と言えば、株式を有償で譲渡する意味合いになります。そして、ひと口に株式譲渡と言いましても、それは大きく分けて2種類の株式譲渡があります。その一方が上場株式譲渡であり、もう一方がそれ以外の一般株式譲渡です。

上場株式の取引は、原則的に誰もが株式市場で自由に行える投資行為・売買行為です。この場合の原則とは、主としてインサイダー取引に抵触しないことがルールとなります。そして、その取引の中で株式譲渡を行うことは、基本的に譲渡利益を得ることを目論んでの行為です。

株式譲渡を実施して得た譲渡益には、税金が課されるのは言うまでもありません。

上場株式と違って一般株式は、会社のオーナー経営者やその親族、役員など限定された立場の人しか所有していません。一般株式とは非上場株式ですから、当然ながら株式市場での取り扱いもありません。

つまり、一般株式の譲渡が発生するのは、主にM&Aによって会社の経営権を第三者に承継する場面です。言い換えれば「一般株式譲渡≒会社の売却」と捉えることができます。M&Aにおける株式譲渡では、株式の取得価額（資本金額など）を上回る価額で売却できた場合、その差額が譲渡利益となります。

要するに、一般株式の場合も株式譲渡を行えば、基本的には譲渡益を得られるという点では、上場株式譲渡と変わりはありません。ただし、一般株式譲渡にあたっては、いくつかの手続きを経て実施しなければならないという相違点があります。

M&Aで一般株式譲渡をするのは、先方に経営権を移転させることが前提です。従って、それを実施しようとする場合、相手との協議から始まり、大筋合意後も細かい取り決めや手続きが必要になります。

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日本における住民税とは、1月1日時点で自身が住んでいる地域に納付する税金です。住民税は、正確には市区町村民税と都道府県民税の2種類に分割されるのですが、総称として住民税と呼びます。また、住民税は、国税である所得税と違って地方税です。

地方税である住民税は、各自治体の財源としてダイレクトに住民が納付する税金ということになります。そのため、各自治体で課税率の可変が認められており、課税率は全国一律ではないという特徴があります。ただし、驚くほど税率の差が発生したケースは今までありません。

そして、住民税は個人のみならず、法人も課税対象です。さらに、住民税には納税方法にも特徴があります。納税者自らが自治体に納税する方式は普通徴収と呼ばれ、自営業者のような個人事業主などが、普通徴収により住民税を納付します。一括納付、または4分割納付が選択可能です。

サラリーマンのように、会社に雇用されている給与所得者に対しては、特別徴収が適用されます。特別徴収とは、会社が毎月の給与額から住民税分を差し引いて給与を支払い、その差し引いた住民税額を社員に代わって各自治体に納付する方式です。

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株式譲渡で譲渡益が出れば、当然ですが、そこには所得税と住民税が課税されます。住民税の基本的な仕組みとしては、前年度の所得金額に応じて課税される所得割と、所得額とは無関係に定額課税される均等割で構成されています。

株式譲渡による利益（譲渡所得）に対する住民税は、「株式等に係る譲渡所得等の金額」として他の所得と分離して計算されるのが基本です。

かつては上場株式の譲渡所得について、確定申告の方法を所得税と住民税で別に選択できましたが、税制改正により2024年以降の所得（2025年の申告）からは、所得税と住民税の課税方式を一致させる必要があります。非上場株式である一般株式の譲渡は、従来どおり申告分離課税のみが適用されます。

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原則的に、株式譲渡の所得は、上場株式譲渡でも一般株式譲渡でも申告分離課税です。申告分離課税とは、他の所得とは切り離して個別に税額を計算します。課税される譲渡所得は、株式売却によって獲得した金額から、取得費用や譲渡費用を差し引いた金額です。

具体的には、上場株式譲渡の場合、取得費用とは株式の購入金額を意味します。証券会社への手数料などが譲渡費用です。一般株式譲渡での取得費用とは、創業者であれば会社の設立費用である資本金額であり、後継者であれば先代からの株式取得時に支払った金額になります。

一般株式譲渡での譲渡費用に該当するのは、M&A仲介会社に支払う仲介手数料などです。

算出した株式譲渡所得に対して、上場株式・一般株式（非上場株式）の区別なく、所得税・復興特別所得税・住民税が課税されます。それぞれの税率は以下の通りです。

• 所得税：15%
• 復興特別所得税：0.315%（所得税額の2.1%。2037年まで）
• 住民税：5%

これらを合計した**20.315%**が、株式譲渡所得に対する税率となります。住民税の納付額は、以下の計算式で算出できます。
 

• 住民税額 ＝ 譲渡所得（譲渡価額 － 取得費 － 譲渡費用） × 5%

なお、株式譲渡所得で認められている申告分離課税ではない、総合課税とはどのような税率なのか、念のため確認しておきましょう。所得に対する総合課税では、まず住民税の課税率は10％です。所得税は累進課税のため、所得金額によって以下のように税率が変動します。

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株式譲渡によって利益が出た場合、原則として確定申告を行い、住民税を納税する必要があります。ここでは具体的な申告・納税方法を解説します。

株式譲渡における確定申告の要否は、主に利用している証券口座の種類によって異なります。

【確定申告が必要なケース】

• 一般口座や特定口座（源泉徴収なし）で取引した場合
• M&Aによる非上場株式（一般株式）を譲渡した場合

• 特定口座（源泉徴収あり）を利用し、年間の譲渡益が確定申告の対象外となる場合
• ただし、複数の口座で損益通算したい場合や、繰越控除を適用する場合は確定申告が必要です。

確定申告を行うと、その情報が税務署からお住まいの自治体に共有され、住民税額が決定・通知されます。納税方法は以下の2種類です。

• 普通徴収：自治体から送付される納税通知書に基づき、原則として年4回（6月、8月、10月、翌年1月）に分けて自分で納付します。一括納付も可能です。
• 特別徴収：給与所得者の場合、原則として勤務先が給与から天引きして納付します。希望すれば普通徴収への切り替えも可能です。

期限内に確定申告や納税を行わなかった場合、本来納めるべき税金に加えて、以下のようなペナルティが課される可能性があります。

• 無申告加算税：期限内に申告しなかった場合に課される税金。
• 延滞税：法定納期限までに納税しなかった場合に、日数に応じて課される利息に相当する税金。

かつては平成29年度税制改正により、上場株式等の譲渡所得について、所得税と住民税で異なる課税方式（例：所得税は申告分離課税、住民税は申告不要制度）を選択できました。

しかし、**令和4年度（2022年度）の税制改正によってこの制度は廃止**されました。その結果、**令和6年（2024年）分の所得以降（2025年3月15日期限の確定申告から）は、所得税と住民税の課税方式を必ず一致させる必要**があります。

この変更により、所得税で確定申告を行った場合、その内容が住民税にも自動的に反映されることになり、以前のような課税方式の使い分けによる国民健康保険料等の調整はできなくなりましたのでご注意ください。
 

上場株式譲渡所得のみの適用であるため、M&Aによる一般株式譲渡所得では従来どおり、同じ課税方式で所得税と住民税が課されます。また、株式譲渡で損失もある時に行える損益通算も、上場株式と一般株式間では行えません。

M&Aの株式譲渡では高額な譲渡所得が発生することが多いため、税金対策は非常に重要です。事前に専門家と相談し、最適なプランを検討しましょう。

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上場株式譲渡に限って選択可能な住民税の課税方式は、下記の3種類です。

1. 申告不要制度
2. 総合課税
3. 申告分離課税

申告不要制度では、株式譲渡所得の確定申告を経ずに住民税を納税します。源泉徴収ありの特定口座を用いて上場株式の譲渡を実行すると、基本的に申告不要制度を用いることになります。

本来、株式譲渡で得た利益が年間20万円以上ある場合には確定申告が必要です。しかし、証券会社に株式取引用の口座を開設する際、源泉徴収ありの特定口座を選んでおけば、自動的に住民税が源泉徴収されるシステムになっています。

そして証券会社が、源泉徴収された住民税を代わりに支払ってくれることになるため、本人は確定申告が不要となるのです。

総合課税とは、他の所得と合算したうえで住民税を計算・納付する方式です。ただし、住民税の計算方法で述べたとおり、総合課税での住民税の課税率は、分離課税の課税率の2倍にあたる10%です。

理論的な可能性として、住民税の課税方式として総合課税を選択できるようになってはいますが、選んでもメリットがないため、選択されるケースはほぼありません。

すでに説明してきたとおり、申告分離課税とは、他の所得とは切り離して個別に税額を計算し、確定申告を行って納税する方式です。源泉徴収ありの特定口座を用いていない場合、申告分離課税によって住民税を支払うことになります。

証券会社で開設できる口座には、一般口座、源泉徴収されない特定口座、源泉徴収ありの特定口座と種類があります。後日の納税のことも考え、開設する口座を選択ておきましょう。

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M&Aによる株式譲渡で住民税を納付する際には、いくつか注意すべき点があります。特に納税資金の確保は重要です。

住民税は、株式を譲渡して現金を得た年の翌年に課税されます。そのため、譲渡で得た資金を他の用途に使ってしまうと、翌年の納税時期に資金が不足する事態に陥りかねません。

特にM&Aでは譲渡対価が大きくなるため、住民税額も高額になります。あらかじめ納税額をシミュレーションし、「譲渡対価 × 約5%」を目安として納税資金を別途確保しておくことが極めて重要です。資金計画に不安がある場合は、税理士などの専門家に相談しましょう。

メリットがあることには、デメリットもついてまわるものです。上場株式譲渡所得の納税で、所得税と住民税の課税方式を選択して変える場合も、デメリットとは言わないまでも注意すべきポイントがあります。特に気をつけたい2点について記します。

地方自治体が算出している国民健康保険料や医療費の自己負担割合、後期高齢者医療保険料や介護保険料は、その基準値として住民税の課税対象所得金額が用いられています。つまり、上場株式譲渡所得の住民税課税方式を、総合課税または申告分離課税を選んだ場合、保険料が増額します。

住民税の納税額にだけとらわれて課税方式を選んだ場合、節税できた金額よりも保険料などの増額分のほうが高くなってしまう可能性があるのです。該当するケースである場合、節税金額と保険料増額分の比較をしてから課税方式を選ぶようにしましょう。

上場株式譲渡所得に関する所得税の確定申告を行って、そのまま何もしないでいると、住民税の課税方式は所得税と同じものになってしまいます。従って、所得税とは違う住民税の課税方式を選択したい場合、住民税の申告書を別途作成し、自治体に提出しなければなりません。

そして、この住民税の申告書についての扱いが自治体側でも明瞭になっておらず、明確な提出期限が公表されていないケースがほとんどです。通常、自治体から住民税額の決定および納税通知書が届くのは6月頃ですから、それに先んじて住民税の申告書を提出するようにしましょう。

言葉の表現上では矛盾とも受け取れますが、申告不要を選択したい場合でも住民税の申告書を提出しないと、確定申告した所得税の課税方式が適用されてしまうのです。場合によっては、自治体のスタッフ自体も、この意味が理解できない可能性もあります。

必要に応じて自治体に問い合わせと確認をしながら、自身の意図についてはっきり宣言して理解を得るようにすることも肝要です。

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同じ株式譲渡でも、上場株式と一般株式では課税上の規定が分けられていました。特に上場株式の場合、所得税と住民税とで別々の課税方式を選択できるようになったのは、節税という観点で喜ばしいことです。

しかし、その反面、ルールが複雑化してしまい、対応者である自治体側に精通しているスタッフが少ないという事態も生じています。上場株式譲渡所得の納税方法に関しては、当面、まず税理士に相談することをお勧めします。本記事の要点は、以下のとおりです。

• 住民税＝（譲渡金額－取得費－委託手数料等）×5%

• 上場株式譲渡所得：申告不要制度、総合課税、申告分離課税から選択できて場合により節税が可能
• 一般株式譲渡所得：申告分離課税