会社売却でかかる税金はいくら？計算方法・税金対策をわかりやすく解説

株式譲渡は株式の売却、事業譲渡は事業資産の売却と、同じ会社売却でも売却するものが違うので、当然税金の仕組みも違ってきます。この章では、株式譲渡による会社売却でかかる税金についてみていきましょう。

株主は個人の場合と法人の場合があり、両者の税金の仕組みには違いがあります。株式譲渡の税金を考える際は、個人・法人それぞれの場合について理解することが大切です。

会社売却とは、会社を他者へ売却すること全般を表す用語です。法律で定義された用語ではないので、人によってやや違う意味やニュアンスで使われるケースもみられます。

一般には、何らかのM&A手法で会社の経営権や事業の売却・譲渡をさすことが多いです。しかし、株式譲渡と同じ意味で使われたり、株式譲渡と事業譲渡の総称といった意味で使われたりすることもあります。

本記事では事業譲渡も含めて、株式譲渡か事業譲渡による経営権または事業の売却のことを会社売却と呼びます。(ただし、個人事業の事業譲渡は除外)

中小企業は経営者やその親族など、少数の個人が全株式を保有していることが多いです。こういった企業の株式譲渡では、個人が保有している株式を他者へ売却します。

個人株主が保有株式を譲渡して金銭を得た場合、売却によって得た利益に対して所得税と住民税がかかります。株式の譲渡所得は、通常の事業所得や給与所得の税金とは仕組みが違うので注意が必要です。

株式譲渡の税金は、売却によって得た金銭全額（譲渡価額）ではなく、株式を取得する際にかかった費用などを差し引いた利益（譲渡所得）に対して課せられます。

譲渡所得は、株式を取得したときに出資した取得価額と、株式譲渡の際に支払った仲介会社の手数料などの経費を、それぞれ譲渡価額から差し引いたものです。

譲渡所得は下の式で求められ、株式譲渡の税金はこの金額に対して課せられます。

【個人株主の株式譲渡における譲渡所得の計算方法】

• 譲渡所得=（譲渡価額）-（株式の取得価額）-（譲渡手続きの際に発生した手数料などの経費）

個人株主の株式譲渡の税金は、所得税が15%、復興特別所得税が0.315%、住民税が5%の合計20.315%です。累進課税のような税率の変動はなく、譲渡所得の額にかかわらず一律で20.315%となります。

個人株主の株式譲渡の税金は分離課税です。他に給与所得などがある場合は別々に税金を計算するので、株式の譲渡所得が累進課税の所得税率を押し上げません。

計算例として、譲渡価額5,000万円、取得価額1,000万円、経費が500万円の場合を考えてみましょう。この場合、譲渡所得は5,000万円-1,000万円-500万円=3,500万円となり、3,500万円×20.315%=7,110,250円が支払う税金です。

【個人株主の株式譲渡の税金の税率】

親会社が子会社を会社売却するなど、株式譲渡では法人が株式を売却するケースもあります。法人の場合に課されるのは、先ほどの個人の場合と異なり法人税です。

株式の譲渡益にかかる法人税は総合課税なので、事業などによるほかの利益と合算して税金を計算します。もし事業が赤字なら株式の譲渡益と相殺し、税金が少なくなる場合もあるでしょう。

法人税には、法人税・法人住民税・法人事業税があります。法人住民税と法人事業税の税率は各自治体によって違い、会社の規模や利益の額などによっても変わってきますが、一般に事実上の税率である実効税率は約30%です。

税金の対象となる譲渡所得の計算方法は個人の場合と同じで、株式を売却して得た金額（譲渡価額）から取得価額と必要経費を差し引いて求めます。

法人の場合、求めた譲渡所得と他事業などによる所得を合算し、その金額をもとに法人税を計算しましょう。

法人が行うさまざまな資産・サービスの売買には消費税がかかりますが、消費税の課税対象となる課税取引と、対象から除外される非課税取引があります。

株式の譲渡は非課税取引なので、法人が株式譲渡で会社売却をしても、消費税はかかりません。

会社売却で課せられる可能性のある税金は、ここまで挙げたもののほかに不動産取得税や印紙税があります。不動産取得税と印紙税は、株式譲渡か事業譲渡かによって違ってくる部分があるので、それぞれの仕組みを理解しておくことが大切です。

会社売却では多くの場合、譲渡する資産にオフィスや店舗などの不動産が含まれます。一般的に、不動産を取得すると不動産取得税が課されますが、株式譲渡は会社の経営権の譲渡なので、売却した会社が保有している不動産は、引き続きその会社が保有します。

そのため、株式譲渡による会社売却では不動産の売買は行われないので、不動産取得税はかかりません。ただし、株式譲渡に加えて個別に何らかの不動産取得を行う場合は、その取得に対して不動産取得税がかかります。

株式を売却する際に契約書を作ることがあります。この契約書は印紙税法で規定されている課税文書に該当しないため、印紙税はかかりません。ただし、経済取引などにともなう契約書や領収証などの文書には、印紙税法にもとづいて印紙税がかかります。

印紙税がかかるのは株式を売却した際の受領書で、受取金額が5万円以上の場合に税金がかかります。

税金の額は受取金額によって細かく決められており、100万円以下なら印紙税は200円、受取金額が高くなれば印紙税も上がっていき、10億円を超えると20万円の印紙税がかかるのです。

株式譲渡では、株式を発行している会社自身が自己株式を買い取るケースも考えられます。

自己株式を取得した場合、その株式を売却した前株主が受け取る売却益が「みなし配当」とされるので、通常の株式の売却とは税金が違ってくる可能性があります。

発行会社自身に株式を売却する場合は、みなし配当の税金について理解しましょう。

みなし配当とは、株式を発行会社へ売却した際に得た金銭について、出資金の払戻しを超える部分は、厳密な意味での配当ではないものの、税金の計算においては配当とみなすことです。下の式が成り立ちます。

• 株式の売却価額=出資金の払戻し+みなし配当

出資金の払戻しの部分は下記の式です。

• 出資金の払戻し=会社の資本金の額×(売却した株式数÷発行済み全株式数)

個人株主の場合、みなし配当は配当所得となり、総合課税で所得税と住民税が課税されます。みなし配当の場合は分離課税ではないのが注意点です。

株主が法人の場合、みなし配当は営業外収益の受取配当金です。税金の支払いは、発行会社側がみなし配当の部分を源泉徴収することで行われ、この額が法人株主の法人税から控除されます。

源泉徴収後の受取配当金は利益（益金）となり法人税の対象ですが、全額が益金になるのではなく一部または全額が不算入となります。

これは、配当金の支払い元となる発行会社の利益剰余金が、すでに法人税を支払った後のものであるため、さらに法人税を課すと二重課税になるためです。

株式譲渡・事業譲渡のどちらの手法においても、会社売却にはさまざまな税金がかかります。会社売却を行う際は、できるだけ税金が少なくて済む対策をしておくことが重要です。

会社売却の際に有効な税金対策としては、役員退職金の活用、会社分割の併用、第三者割当増資の利用などが考えられます。これらの手法を適切に活用し、必要以上の税金を支払わないようにしましょう。

【会社売却時の税金対策】

1. 役員退職金を活用する
2. 会社分割を併用する
3. 第三者割当増資で支配権を移転する

売却する会社の株主がその会社の経営者や役員である場合は、退職金を支払うことで税金を減らせる可能性があります。

これは、退職金の税金は普通の所得税より優遇されているので、株式の売却益にかかる税金より安くなることが多いことを利用したものです。

例えば、役員が保有している株式の価額が1億円の場合、その一部（例えば2,000万円）を退職金として支払い、差し引きの8,000万円で会社売却すれば、退職金の分だけ税金が安くなる可能性があります。

この方法は適切に活用すれば有効ですが、退職金の所得税は累進課税なので退職金があまり高すぎるとかえって税金が高くなるケースがあり、不当に高い退職金の支払いは国税庁に認められない可能性もあるでしょう。

退職金の額が正当かどうかは国による判断基準はあるものの、厳密なものではないため、専門家でないと判断が難しいです。退職金による節税を検討する際は税理士などの専門家に相談しましょう。

株式譲渡は会社売却の最も一般的なスキームですが、買収側としては不要な資産も引き継いでしまう場合があります。不要な資産を引き継ぐのは買収側にとってデメリットであるだけでなく、その資産が株式の売却価額を押し上げて税金が高くなるので、売却側にとってもデメリットです。

不要な資産の譲渡を防ぐ方法として、会社分割の併用が考えられます。不要な資産をまず会社分割で切り離してから会社売却すれば、買収側は不要な資産を買い取らずに済み、売却側にとっても節税です。

この方法は適切に活用すれば有効ですが、会社分割は株式譲渡に比べると複雑なので、手続きに手間がかかる点などがデメリットです。

もう少し単純な方法として、不要な資産を単にグループ会社などに売却する方法も考えられます。オーナー経営の中小企業では経営者の個人資産が会社名義になっていることがありますが、それらを会社売却前にオーナーの個人名義に変えておけば、株式の売却価額を下げることも可能です。

第三者割当増資とは、特定の個人または法人に新株を発行して増資することをさします。

会社売却の買収側に第三者割当増資で大量の新株を発行し、過半数の議決権を持たせて株式譲渡することなく経営権を譲渡することも可能です。この場合は株式を売買していないので税金はかかりません。

この手法も適切に活用すれば有効ですが、大量の新株発行は株式を希薄化させるので、既存株主にとってはデメリットがある手法といえます。また、この手法では完全子会社化はできません。

第三者割当増資だけで経営権を譲渡するのが難しい場合は、株式譲渡と併用するのも有効な活用法です。

事業譲渡による会社売却は株式譲渡とは仕組みが違うので、それにかかる税金も違ってきます。事業譲渡でかかる主な税金は法人税で、それ以外に消費税や印紙税などがかかります。

事業譲渡による会社売却では、税金の種類の違いだけでなく、税金を支払う主体が株式譲渡とは違うことにも注意が必要です。

また、株式譲渡は株式の譲渡なので税金は株主に課せられますが、事業譲渡は会社が保有している資産の売却なので、税金は株主ではなく売却した会社に課せられます。

【事業譲渡による会社売却にかかる税金】

1. 法人税、法人住民税、法人事業税など
2. 消費税
3. 印紙税
4. 登録免許税
5. 不動産取得税

株式譲渡と同様に、事業譲渡による会社売却でも、法人税・法人住民税・法人事業税が課せられます。総合課税で事業によるほかの利益・損失と合算するのも同じです。

課税対象となるのは、売却した事業資産の売却価額から、取得費と経費を差し引いた額です。資産より負債が多い場合や、取得費や経費が譲渡価額を上回った場合、税金は課されません。

取得費は売却した各事業資産について簿価などを参考にしますが、売却する資産によっては取得費の算定が難しいものが出てくる可能性もあります。

事業譲渡による会社売却は、株式譲渡より譲渡益の計算が難しいことがあるので、税理士など専門家のサポートを得ることが大切です。

株式譲渡による会社売却では消費税はかかりませんが、事業譲渡の場合は売却した資産に課税資産があれば消費税がかかります。不動産や在庫、特許やのれんなどは全て課税資産なので、事業譲渡ではほぼ必ず消費税が発生すると考えてよいでしょう。

ただし、建物は課税資産であるが土地は課税資産でないなど細かい取り決めがあるので、譲渡する資産のどれが課税資産でどれが非課税資産かをきちんと区別することが大切です。

譲渡した資産の受領書に印紙税がかかるのは株式譲渡と同様ですが、事業譲渡の場合は事業譲渡契約書にも印紙税がかかります。

印紙税法では「営業の譲渡に関する契約書」に印紙税が課されるとされていますが、株式譲渡契約書はこれにあたらないのに対し、事業譲渡契約書は該当するとみなされるためです。

事業譲渡契約書の印紙税は、受領書の印紙税とは金額が違います。事業譲渡契約書の印紙税の額は、1万円以上10万円以下で200円、その後は譲渡価額が上がるごとに印紙税も高くなっていき、50億円以上で60万円の印紙税がかかります。

事業譲渡による会社売却では、多くの場合不動産の売買を伴うでしょう。不動産や土地の所有者が変わると登記を行うため、登録免許税がかかります。

登録免許税の税率は、土地や建物を売買したことによる所有権の移転登記では、課税標準となる不動産価額に対して1,000分の20です。ただし、土地に関しては令和5年3月31日まで軽減税率が適用されており、税率は1,000分の15となっています。

事業譲渡に際して不動産を取得した場合は不動産取得税が課せられます。不動産取得税は固定資産税評価額の4%ですが、2024年3月31日までは3%に軽減されている状況です。

課税標準となる固定資産税評価額は、不動産の実際の譲渡価額と同じではありません。一般に固定資産税評価額は、土地は時価の7割程度、建物は時価の5割から6割程度です。

会社売却はまず株式譲渡・事業譲渡といったスキームの選択の問題があり、それ以外にも税金対策など乗り越えるべきさまざまな壁があります。会社売却を成功させるには、M&A仲介会社など専門家のサポートを得ることが不可欠です。

M&A総合研究所は、主に中堅・中小企業のM&Aを手掛けるM&A仲介会社です。M&A総合研究所では、知識や経験の豊富なM&Aアドバイザーが、親身になって案件をフルサポートいたします。

料金体系は成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）。無料相談をお受けしておりますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

会社売却の手法は主に株式譲渡と事業譲渡の2つです。株式譲渡は株式の売却、事業譲渡は事業資産の売却なので、それぞれ税金が違ってきます。退職金や会社分割といった税金対策も活用し、不要な税金を支払わないようにしましょう。