会社譲渡（株式譲渡）時にかかる税金とは？仕組みや計算方法について解説！

会社の経営権を第三者に譲渡することを「会社譲渡」といいます。具体的には、会社が保有する株式を譲渡することで、経営権を譲り渡すという手法を表します。そのため、会社譲渡は、一般的には「株式譲渡」と同じ意味で使用されます。

特に中小企業におけるM&Aの場合、すべての株式を譲渡することで経営権を移して、会社譲渡を行うことがほとんどです。以下で会社譲渡の意味を整理しておきましょう。

まず、株式譲渡というのは、株主が保有する株式を第三者に譲渡することをいいます。

例えば、A社が保有する自社の株式を、B社に譲渡するという例を考えてみましょう。A社の株式がB社に移ると、移動した株式の株主はA社からB社に変わります。もしA社の株式の100%がB社に移転すれば、A社の株主はB社のみになります。

会社譲渡には、経営権の移転という意味があります。特に株式を100%譲渡すれば、その会社の経営権は完全に移転することを意味します。この意味について整理しておきます。

株主には、基本的に株主総会の議決権があります。そして、株主総会では、役員の選任・解任などの経営に深く関係する決議が行われています。つまり、株主総会で議決権を持つということは、経営に関わる権利を得ることを意味するのです。

先ほどの例ですが、株式譲渡でB社がA社の株式を取得すれば、B社はA社の株主となります。この場合、B社はその株式の持分において議決権を持ち、A社の経営に関わることができます。もし、B社がA社の株式の100%を取得すれば、B社はA社の経営権を全て掌握できることになるわけです。

先ほど、会社譲渡（株式譲渡）の意味について「会社の経営権を第三者に譲渡すること」とご紹介したのは、会社譲渡には上記のような経営権を譲渡するという仕組みがあるからです。

上記でご紹介したような株式の100%譲渡は、特に中小企業のM&Aとしてしばしば活用されています。中小企業が自社の株式の100%を他の会社に譲渡すれば、その会社に経営を任せることができ、事業を継続することができます。

特に、近年は中小企業の後継者不足問題も目立ちます。跡取りがいなければ、場合によっては廃業してしまうこともあります。こういった状態を防ぐために、会社譲渡によって他社に経営権を移転させ、会社を継続させるというメリットがあるのです。

また、中小企業の場合、大手企業より経営基盤が弱いため、経営が不安定になってしまうケースも多いです。このような中小企業も、会社譲渡によって他社に経営権を譲渡し、経営基盤の強化につなげることができます。

例えば、資金力のある大手企業に自社を売却し、大手企業の傘下に入ることができれば、安定した財務基盤のもとで経営を続けることが可能です。同時に資金調達や販路の拡大、人材の確保なども可能となり、事業規模の強化を図ることもできます。

こうした状況を踏まえると、会社譲渡はM&Aの手法として多くのメリットがあることになります。特に経営上の問題を多く抱えている中小企業であれば、会社譲渡によって事業の継続や強化といったさまざまなメリットを享受することができるのです。

※関連記事
株式譲渡の方法
株式譲渡を利用したM&A

会社を譲渡して経営を任せる以上、相手はしっかりと選ばなくてはなりません。きちんと信頼できる会社を探し、自社にとって多くのメリットがある会社譲渡を実現する必要があります。

とはいえ、すぐに自社の希望する条件に合致する譲渡先企業が見つかるとは限りません。譲渡先企業がなかなか見つからない場合、希望条件の見直しや一部取り下げなどの必要が生じ、余計な時間や労力を使うことにもなります。

また、M&Aを進めるにあたっては、それぞれの段階で専門的な知識が必要となります。例えば、自社の企業価値を適切に算出することは、売却価格を決めるうえで非常に重要ですが、その際には市場の動向も踏まえた適切な判断が必要になります。

売却価格を決定するにあたり、相手企業と交渉も進めなくてはなりません。さらに、財務、税務、法務などの分野で問題点がないかどうか、専門的な観点からの判断も求められます。

このように、専門知識がないと手続きを進めることは難しいので、M&A仲介会社・M&AアドバイザリーなどのM&Aに精通した専門家のサポートを受けることがおすすめです。

会社譲渡などM&Aをお考えの方は、ぜひM&A総合研究所にご相談ください。M&A総合研究所は、主に中小・中堅規模の案件を取り扱うM&A仲介会社です。

案件ごとにM&Aの知識・支援実績豊富なアドバイザーがつき、ご相談からクロージングまで丁寧にサポートいたします。スピーディーなサポートを実践しており、最短3ヶ月での成約実績もございます。

料金体系は成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）。無料相談をお受けしておりますので、お気軽にお問い合わせください。

会社譲渡（株式譲渡）と似た表現に、「事業譲渡」があります。事業譲渡もM&Aの1つですが、会社譲渡とは異なります。両者の違いについても、整理しておきましょう。

事業譲渡というのは、ある会社の事業の全部または一部を譲渡することをいいます。会社譲渡のように株式を移転することで会社そのものを譲渡することではなく、事業のみを譲渡するという点に特徴があります。

事業譲渡は、全部の事業だけでなく特定の事業だけを譲渡することも可能です。つまり、残しておきたい事業は譲渡しないという方法ができるわけです。譲渡しなかった事業は自社に残るため、自社が引き続き経営権を有することになります。

事業譲渡の場合、どの部分の経営権を移転させるかは事業ごとに判断します。一方で、会社譲渡の場合、どの程度会社を支配できるかは株式の比率によって決まります。もし株式を100%譲渡すれば、事業の区分けにかかわらず経営権は全て移転します。

会社譲渡と事業譲渡は、株式の比率によるのか事業単位なのかという違いがあります。そのため、「この事業だけ残しておきたい」と考える場合であれば、基本的には事業譲渡を選択すべきということになります。

会社譲渡は株式の比率によって経営権が決まってしまうので、そのままでは特定の事業だけをピンポイントに残すことは困難です。実際にも、会社譲渡の場合は株式の100%譲渡によって経営権を丸ごと移すというケースが多いです。

会社譲渡（株式譲渡）でも、会社の事業の一部を譲渡することは可能です。その場合は会社分割の手法を用いることになります。

この場合、残したい（＝売りたくない）事業を会社分割によって新しい会社に移し、譲渡する事業のみを元の会社に残します。そのうえで元の会社の株式を譲渡することで、結果的に事業の一部のみを譲渡することができるわけです。

ただしこの手法を用いた場合、残したい事業のほうが新会社に移るため、新会社の設立だけではなく、残す事業部分の新会社への名義変更や事業の引継ぎ・社員の異動などにかかる手続きが必要となり、多くのコストが発生することになります。

これらのことから、事業の一部のみを譲渡する場合は、会社分割の手法を用いた会社譲渡よりも、事業譲渡のほうが適切でしょう。

※関連記事
事業譲渡のメリット・デメリット
会社分割とは？手続きやメリット・デメリット、事業譲渡との違いを解説

ここまで、会社譲渡の意味や特徴をご紹介しました。次に、会社譲渡における税金について整理しておきます。会社譲渡で発生する税金の仕組みはやや複雑なので、ここでしっかり確認しておきましょう。

会社譲渡（株式譲渡）を行うと、株式を譲渡したことによって得た利益（譲渡益）に対し、税金がかかります。法人である会社が株式を譲渡する場合、譲渡益について法人税が課税されます。

一方で、経営者や取締役などの個人が自社の株式を譲渡することもあります。個人が株式を譲渡すると、譲渡益に対して所得税（住民税を含む）がかかります。いずれも譲渡益が課税対象となる点は同じで、法人は法人税が、個人は所得税が課税されるという仕組みです。

会社譲渡の場合、税金が発生するのは売り手のみで、買い手には基本的に税金は発生しません。

売り手は株式を譲渡して利益を得ているため、法人税または所得税が課税されることになります。一方、買い手には通常の売買取引の場合、消費税がかかりますが、株式などの有価証券の譲渡は消費税の非課税取引に該当するため、購入しても消費税は発生しないのです。

もちろん、株式の売買手数料には消費税がかかりますが、これは株式の譲渡取引とはまた別の問題です。課税されるのはあくまで売買手数料についてであり、購入した株式の金額に課税されるわけではありません。

買い手に税金が発生しないというのは、事業譲渡と比較した場合のメリットとなります。事業譲渡の場合、買い手が課税資産（固定資産など）を購入すれば消費税がかります。一方、会社譲渡では消費税がかからないので、買い手には税金が発生しないということになります。

会社譲渡（株式譲渡）における税金は、あくまで売り手にかかる法人税または所得税が基本となることをおさえておきましょう。

さて、上記でご紹介した会社譲渡（株式譲渡）における課税の仕組みを踏まえ、個人と法人に分けて税金の計算方法を整理しておきます。まずは個人が譲渡する場合から整理し、そのポイントを踏まえて法人が譲渡する場合についてご紹介します。

会社譲渡によって得た譲渡益に所得税がかかりますが、他の所得とは区別して税金を計算するという「申告分離課税」による課税となります。以下、課税額の算出の流れを見ていきましょう。

まず、所定の計算方法によって、課税対象となる譲渡益を算出しなくてはなりません。その譲渡益の計算式は以下の通りです。

「上場株式」と「一般株式」で、それぞれ別々の申告分離課税となります。そのため、計算式も上場株式と一般株式で分けられていますが、基本的な計算式は同じです。いずれも「総収入金額（譲渡価額）－必要経費（取得費＋委託手数料等）」が、譲渡益の金額になるわけです。

さて、これらの式によって譲渡益を算出したら、それに対して所定の税率を乗じ、課税額を算出します。その税率は以下の通りです。

税率についても、上場株式と一般株式で同じです。つまり、譲渡益の計算式も税率も、上場株式と一般株式で全て同じということになります。ただ、それぞれ別々の申告分離課税となるため、それぞれで算出する必要があるということです。

また、2013年から2037年までは、復興特別所得税も別途発生します。具体的には、各年分の基準所得税額の2.1%を所得税と併せて申告・納付する必要があります。

法人の場合、通常の法人税が課税されます。また、地方法人税や法人住民税、法人事業税も課税されます。ここでは法人税を例に、その仕組みや税率を見ていきましょう。

まず譲渡益を算出しますが、これは個人の場合とほぼ同様に考えることができます。一方で、個人のような申告分離課税ではないので、通常の事業年度の所得として構成されます。

次に、それぞれの税率によって課税額を算出することになりますが、税率はやや複雑です。というのは、法人税はその時々の経済情勢などを反映して決定されるからです。また、法人の区分によっても税率は変わります。

2019年3月現在の法人税の税率によると、「中小法人以外の普通法人」と「中小法人、一般社団法人等、公益法人等とみなされているもの又は人格のない社団等（年800万円超の部分）」については、23.2%（平成30年4月1日以後開始事業年度）とされています。つまり、一般的な企業の場合は、法人税の税率は23.2%と考えることができます。

会社譲渡では、節税を目指すことも可能です。例えば、個人が株式を譲渡するケースで、譲渡金額の一部を退職金として受け取った場合、譲渡所得と退職金にかかる税金は別区分なので、節税できる場合があります。これは、特に中小企業のM&Aでしばしば見られる節税の方法です。

ただし、割合によっては逆に税金を多く支払わなければならないおそれもあります。節税を目指す場合は安易に判断するのではなく、専門家などに相談しつつ、慎重に行う必要があります。

※関連記事
株式譲渡時の税金
事業譲渡で発生する税金は？税務について徹底解説！

先ほども述べたように、専門知識が必要な会社譲渡では、M&A仲介会社・M&Aアドバイザリーなどの専門家のサポートを受けることが好ましいです。税金面も含め、さまざまな疑問点を相談できるような専門会社を利用しましょう。

M&A総合研究所は、主に中小・中堅規模のM&A案件を取り扱っており、さまざまな業種で成約実績を有しております。

M&Aの知識・経験豊富なアドバイザーが多数在籍しており、ご相談からクロージングまで丁寧にフルサポートいたします。

料金体系は、成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）。無料相談をお受けしておりますので、お気軽にお問い合わせください。

会社譲渡とは、株式譲渡によって会社の経営権を第三者に譲渡することを意味します。会社譲渡（株式譲渡）はM&Aの手法の1つでもあり、特に中小企業のM&Aでは株式を100%譲渡するケースががしばしば見られます。

会社譲渡によって他社に経営を任せることができるので、後継者不足などの経営上の問題を抱えている会社にとっては、会社の継続や、大企業傘下に入ることによる事業の強化といったメリットを実現することができます。

ただし、会社の事業の一部を譲渡する場合などには、会社譲渡より事業譲渡の手法を用いたほうが良いケースもあるので、どのような形で譲渡を行うのか、よく考慮したうえでベストな手法を選択する必要があります。

一方で、株式を譲渡するにあたっては、税金面でも注意が必要です。譲渡する側が個人か法人かで税金の仕組みが異なるので、それぞれ区別して把握しておかなければなりません。M&A仲介会社・M&Aアドバイザリーなどの専門家とも相談しつつ、税金面も含めてさまざまなポイントをおさえ、メリットの多い会社譲渡につなげることが大切です。