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合併を行う際の登記とは?合併の登記書類、登記手続き、登録免許税を解説します

合併を行う際の登記とは?合併の登記書類、登記手続き、登録免許税を解説します

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この記事の監修専門家
M&A総合研究所 公認会計士
高谷 俊祐

目次

    合併を行う際の登記と

    合併は様々なM&Aの手法の中でもポピュラーな手法の一つであり、「M&Aは詳しく知らないけど合併は聞いたことがある」という人も多いでしょう。

    合併は会社同士が統合する手法ですが、そのプロセスは煩雑であり、様々な手続きを行わなければなりません。

    さらに合併のプロセスの一つに登記がありますが、これも合併の種類によって変わるなど、覚えておかなければならないことは多いいです。

    今回は合併の手法をおさらいすると共に、合併を行う際の登記についてお伝えします。

    合併とはどのような手法か

    まずは合併がどのような手法かおさらいしていきましょう。

    合併は複数の会社が統合して1つの会社とする手法であり、大きく分けて2種類のやり方があります。

    一つは「吸収合併」、もう一つは「新設合併」です。

    それぞれのやり方は以下のようなものになっています。

    ①吸収合併の手法

    吸収合併は2つ以上の既存の会社同士が統合し、1つの会社になることを指します。

    合併と聴いて連想する手法はこの吸収合併が多いです。

    吸収合併を行う際、統合されることで消滅する会社を「消滅会社」、統合された後も存続する会社を「存続会社」と呼びます。

    消滅会社は解散することになりますが、自身の株式を存続会社に提供するため、その対価として株式か社債、現金を受け取ることになります。

    吸収合併は合併のやり方として一番ポピュラーなものですが、消滅会社に「会社を売り渡した」というネガティブなイメージが伴うというデメリットが考えられます。

    昨今ではM&Aが一般化しており、そもそも会社を売り渡す(売却する)という行為は珍しくありません。

    そのためかつてのようにネガティブなイメージが伴うことはあまり考えられないでしょう。

    むしろ合併は会社の事業や従業員の雇用を守る手段として有効的なものであり、ただ解散するよりも前向きなものとして捉えられることが多くなっています。

    ただ、合併はいずれかの会社が消滅するような手法であるため、買い手と売り手のニーズが合致している必要があります。
    もしニーズが合う会社を見つけたければ、M&A総合研究所のM&Aプラットフォームを活用しましょう。 M&A1総合研究所のM&Aプラットフォームは独自のAIを用い、買収ニーズを登録するだけでニーズの合う売り手をマッチングします。
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    ②新設合併の手法

    その名前からある程度想像がつくかと思いますが、新設合併は新たに会社を設立し、その会社に当事者である他の会社が合併されるという形で実行されます。

    既存の会社同士で合併を行う吸収合併とはこの点が大きく異なります。

    新設合併は新しい会社を設立してから合併を行うため、「会社を売り渡した」というネガティブなイメージが伴いにくいものです。

    しかし、詳しくは後述しますが、既存の会社同士で行う吸収合併と違って会社を新しく設立するものであるため、手続きがかなり煩雑になります。

    おまけに登記のやり方も吸収合併と異なるうえに発生する登録免許税も高くなるため、新設合併はあまり使われることはありません。

    また、新設合併での消滅会社の株式の対価は株式か社債に限られており、現金を得ることはできません。

    そのため事業承継のように経営者の引退が前提にあり、今後の生活資金を得たいと考えている場合だと現金を選られない新設合併は不向きだと言えます。

    合併のメリットとデメリット

    ここでは合併におけるメリットとデメリットを簡単にお伝えします。

    ①合併のメリット

    合併は2つ以上の会社が統合する手法であるため、会社同士のノウハウや資本、従業員を合わせることによってシナジー効果を得られます。

    会社同士が統合することで会社が大きくなることも、財務の信用性の向上につながるでしょう。

    また合併は事業規模拡大のためのM&Aとして行われるだけでなく、組織再編の一環として行われます。

    複数の子会社をマネージメントするのは手間がかかるうえに精度が落ちる可能性がありますが、合併することによって一つの会社に統合できればグループの構成がシンプルになり、運営がスムーズにできるようになります。

    ②合併のデメリット

    合併のデメリットはやはり無駄な手続きやコストが多い点です。

    同じM&Aの手法にある株式譲渡は会社同士の契約や交渉だけで完結させることができますが、合併は公的機関を通す必要があるため、書類の作成や登記など行うべきプロセスが多くなります。

    また新設合併のようなやり方だと定款を定めるなど、吸収合併以上に面倒な手続きが発生します。

    この点は考慮した方がいいでしょう。

    加えて、これは合併に限らずM&A全体にいえることですが、複数の会社が統合する以上価値観が違う従業員同士の摩擦が発生する可能性が懸念されます。

    合併の場合は会社単位で統合する手法であるため、従業員同士に派閥が発生して対立の原因になることもあり得るでしょう。

    また合併は包括的な承継を行う手法であり、消滅会社が抱えている不要な資産や契約、簿外債務のような負債などを承継するものです。

    それらも経営の支障になる恐れがあるので留意しておきましょう。

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    合併の登記申請に必要な登記書類と手続き

    吸収合併にせよ、新設合併にせよ、そのスキームには登記があります。

    ただ吸収合併と新設合併は同じ合併でもスキームは大きく異なっており、登記の内容もそれぞれ違っています。

    吸収合併と新設合併それぞれの登記は以下のようになっています。

    ①吸収合併に必要な登記書類と手続き

    吸収合併の登記は契約書に記載された効力発生日から2週間以内に行う必要があります。

    行う登記の存続会社における変更登記と消滅会社における解散登記です。

    加えて消滅会社が所有している不動産が存続会社に移るため、所有産移転登記も必要となります。

    それぞれの登記は同時に行う必要があるので注意してください。

    吸収合併の登記において消滅会社、存続会社は以下の書類を用意する必要があります。

    【存続会社】

    • 吸収合併証明書(吸収合併契約書)
    • 吸収合併契約の承認に関する株主総会議事録、あるいは取締役会議事録
    • 債権者保護手続に関係する書面
    • 登録免許税法施行規則第12条第5項の規定に関する証明書
    • 委任状(代行の場合)

    【消滅会社】

    • 消滅会社の登記事項証明書
    • 吸収合併契約の承認に関する株主総会議事録、あるいは取締役会議事録
    • 債権者保護手続に関係する書面
    • 委任状(代行の場合)

    ②新設合併に必要な登記書類と手続き

    新設合併は吸収合併と違い、会社を新しく設立するため、登記の種類が変わります。

    消滅会社の登記は同じ解散登記ですが、新設合併の場合、新しく設立した会社が存続会社となるため設立登記となります。

    そのため存続会社の登記は用意すべき書類などが吸収合併と大きく変わります。

    加えて新設合併は効力発生日も吸収合併と異なっています。

    吸収合併契約に定められた日が効力発生日となる吸収合併に対し、新設合併は新しく設立した会社の設立登記が完了した日が効力発生日となります。

    そして新設合併の登記に必要な書類は以下の通りです。

    【存続会社】

    • 定款
    • 設立した際の取締役の就任承諾を証明する書面
    • 資本金の額の計上に関する証明書
    • 登録免許税法施行規則第12条第5項の規定に関する証明書
    • 委任状(代行の場合)

    【消滅会社】

    • 消滅会社の登記事項証明書
    • 合併契約の承認に関する株主総会議事録、あるいは取締役会議事録
    • 債権者保護手続き関係書面
    • 委任状(代行の場合)

    合併を行う際に発生する登録免許税と公告掲載料

    合併を行う際に考慮しておかなければならないのは登録免許税や公告掲載料です。

    さきほどもお伝えしましたが、合併はそのプロセスでコストが発生するものであり、登録免許税と公告掲載料はその代表的なものです。

    ここでは合併の際に発生する登録免許税と公告掲載料についてお伝えします。

    ①合併を行う際に発生する登録免許税

    登録免許税は登記の際に発生する税であり、存続会社と消滅会社でそれぞれ税額が異なっています。

    存続会社と消滅会社の登録免許税はそれぞれ以下の通りです。

    【存続会社】

    • 増加した資本金の金額×1.5÷1000

    【消滅会社】

    • 3万円

    上記のように存続会社が資本金の増加額によって登録免許税が変わるのに対し、消滅会社は一律で3万円になっています。

    ただ、存続会社でも上記の計算を行った結果、3万円に満たない金額になった場合は一律で3万円になります。

    また、所有産移転登記を行った際には上記とは別の計算によって算出された登録免許税が発生します。

    所有産移転登記の場合の登録免許税は以下の通りです。

    • 固定資産税評価×4÷1000

    ②合併を行う際に発生する公告掲載料

    合併はそのプロセスで債権者保護のために官報に合併を行う旨を記載する必要があるため、公告掲載料がかかります。

    合併の際に発生する公告掲載料は以下の通りです。

    • 合併公告の官報掲載料:約4万円
    • 合併による株券提出公告の官報掲載料:約4万円
    • 会社債権者に対する公告の官報掲載料:6万円

    公告掲載料は決算公告によって変動するため、上記の金額はあくまで目安です。

    金額の幅は大体5万円~10万円と覚えておけばいいでしょう。

    ちなみに債権者保護手続きでは公告だけでなく、債権者個々人に個別で催告をする必要もあるので注意してください。

    専門家へ相談する場合の合併における登記報酬と費用

    合併は煩雑なプロセスが多く、当事者である経営者だけで行うことは難しいものであるため、外部の専門家の協力を得ることが多いものです。

    その際、登記のような面倒な書類作成や手続きだけを専門家にやってもらうか、合併全体をフォローしてもらうかによって発生する報酬は大きく異なります。

    当然、報酬の具体的な価格はその専門家が提示する条件によりますが、おおむね傾向は決まっています。

    それぞれのケースでの報酬は以下の通りです。

    ①登記などの書類作成や手続きを専門家に依頼する場合

    登記などの書類作成や手続きでのみ専門家の協力を得たい場合は、依頼する専門家は司法書士になることがほとんどかと思います。

    司法書士は基本的に作成する書類によって報酬が変わるものであり、その金額は議事録作成であれば数千円、登記申請や契約書作成などは数万円単位になり、そこに登録免許税などの費用が加算されます。

    どれだけ司法書士に書類作成を依頼するかによって報酬は変わりますが、合併を行ううえで必要な書類の作成を全て依頼するなら数十万円は費用がかかると見込んだ方がいいでしょう。

    ②合併全体を専門家にフォローしてもらう場合

    合併全体をフォローしてもらいたいなら、経営コンサルティング会社やM&A仲介会社、税理士、会計士、弁護士などといった専門家が対象となります。

    これらの専門家は合併の対象となる会社を紹介してくれたり、合併のプロセス全体をフォローし、対象となる会社との交渉もしてくれるため、合併にかかる手間をかなり軽減することができます。

    とりわけ弁護士のような専門家であれば書類作成なども協力してくれます。

    しかし書類作成だけを依頼する司法書士と違って合併全体をフォローしてもらう以上、司法書士とは報酬が大きく変わります。

    このケースだと報酬は合併の案件の規模によって変わり、小規模であれば数百万円、大規模であれば数千万円、大企業同士の合併であれば数億円の報酬が発生します。

    報酬の計算に関してはレーマン方式を採用する専門家がほとんどですが、専門家によっては相談料や着手金などといった追加の料金が発生することもあるため、それぞれの専門家の報酬形態をしっかりチェックしておくことがおすすめです。

    まとめ

    今回の記事をまとめると以下のようになります。

    • 合併は2つ以上の会社を1つの会社に統合する手法であり、代表的なものに吸収合併と新設合併がある。
    • 合併のメリットは経営統合によるシナジー効果が得られたり、組織再編に役立つ点である。
    • 合併のデメリットは手続きが多く、コストが発生する点などが挙げられる。
    • 合併の際の登記は吸収合併と新設合併でそれぞれやり方が異なっている。
    • 合併を行う際に発生する登録免許税は存続会社と消滅会社で税額が違う。
    • 合併を行う際に発生する公告掲載料は決算公告によって変わることがあるがおおむね5万円~10万円の範囲で推移する。
    • 合併で専門家の協力を得る場合、書類作成のみを頼むか合併全体をフォローしてもらうかで報酬が大きく変わる。

    合併は登記というプロセスが入る分、手続きが煩雑になりやすい手法です。

    合併のプロセスを正しく行わなければ、合併が上手くいっても無効になってしまうことがあるので注意しておきましょう。

    登記の手続きは正しい知識があれば誰でもできるものですが、司法書士など外部の専門家に依頼した方が確実でしょう。

    ただ専門家に依頼する場合はどれだけ報酬が発生するのかを調べておくことをおすすめします。

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