株式譲渡後の確定申告方法とは？必要性の判断、添付書類と書き方、税金の計算を解説

株式を売却することによって経営権を譲渡する株式譲渡と、1年間に生じた所得金額に対する所得税額を計算して提出する確定申告とはどのような関係にあるのでしょうか。

この章では、株式譲渡と確定申告の大まかな解説をはじめ、確定申告と年末調整との違いや、確定申告の必要が生じる株式譲渡を取り上げます。

ある会社の株式を持つ個人・法人が、保持する株式を譲り渡すM&A手法が、株式譲渡です。個人が売り手の場合、株式譲渡は株式の取引で利益を得たり、従業員の雇用や取引先との契約などの継続を実現できます。

また、後継者不在問題の解決や経営不振からの脱却なども、株式譲渡の目的です。法人が売り手の場合、不採算子会社を切り離すなど企業グループの再編や、売却による資金調達などが株式譲渡の目的になります。

該当年の1月1日～12月31日の1年間に得た所得額から税金額を計算して確定させる手続きを、確定申告と呼びます。確定申告と同時に納税も行わなければなりません。確定申告では、個人は所得税を納め、法人は法人税・消費税を納めます。

年末調整とは、従業員が1年間に支払うべき所得税の金額と、毎月の給与や賞与から控除した所得税額を比較して所得税額の過不足を調整することです。給料を払う事業者が差額を計算し、控除し過ぎの場合には還付、税額が足りない場合には給料から差し引く手続きをします。

確定申告と年末調整の違いは、取り組む主体が異なる点です。確定申告は所得を得た本人が税金額の申告をするのに対して、年末調整は給料を払う事業者が税額を計算して徴収・申告します。

年収が2,000万円以上の人は、自身の立場にかかわらず確定申告が必須です。給与所得があり年末調整を受けていたとしても、年収が2,000万円以上であれば確定申告を行わなければなりません。

個人が株式譲渡所得を得る手段は、M&Aの株式譲渡だけではありません。株式市場で取引される上場企業株式の売買でも、株式譲渡所得は得られます。この上場企業株式の売買取引で利益を得た個人は、原則として確定申告が必要です。ただし、確定申告が不要となるケースもあります。

証券会社などに口座を開設して株式譲渡取引を行うと、確定申告が必要になります。ただし、特定口座を開設するにあたり「源泉徴収あり」を選択した場合は、証券会社などが口座開設者から源泉徴収を行うので、各自での確定申告が不要です。

つまり、「源泉徴収なし」特定口座を選択した場合と、一般口座を選択した場合には確定申告が必要になります。一般口座とは、特定口座で扱われない上場株式などを扱っている口座です。

一般的に、「源泉徴収なし」特定口座や一般口座の場合、証券会社などから年間取引報告書が提供されません。したがって、各自で年間の株式売買履歴を管理する必要があり、確定申告で譲渡損益を計算するという煩雑な作業が待っているという点には注意が必要です。

下記のように年間の株式の譲渡所得が僅少であったり、赤字となっているケースについても確定申告が不要となります。

• 株式の譲渡所得が赤字か、株式の譲渡所得が控除額を下回るケース
• 給料を得ている人の給与・退職所得を除いた所得と株式の譲渡所得の合計額が20万円以下となるケース
• 年金受給者（年間の年金額が400万円以下）の年金を除いた所得と株式の譲渡所得の合計額が20万円以下となるケース

NISA（少額投資非課税制度）口座での取引は、非課税と定められています。したがって、確定申告をする必要がありません。NISAには、「一般NISA」「つみたてNISA」「ジュニアNISA」の3種類があり、それぞれ限度額や非課税期間など内容が異なります。

また、2024（令和6）年からは制度変更が決定しジュニアNISAは廃止となりますが、さらなる制度変更も検討されているので、その場合、内容には注意しましょう。

株式譲渡の確定申告でそろえる添付書類は、株式譲渡を介する口座によって種類が異なります。この章では、確定申告の添付書類と確定申告書への記入の仕方を確認しましょう。

個人が証券会社などの特定口座を介して上場株式譲渡取引を行った場合、確定申告で下記の添付書類が必要です。

• 年間の特定口座取引報告書
• 株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書
• 源泉徴収票

個人が証券会社などの一般口座を介して上場株式譲渡取引を行った場合、確定申告で下記の添付書類が必要です。

• 株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書
• 源泉徴収票

証券会社などの口座を介して株式譲渡をすませたケースでは、確定申告書を書くために、上記の書類のほかに以下の物をそろえます。

• マイナンバーカードを用意した場合：差し出す本人確認書類はなし
• 個人番号の通知カードを用意した場合：運転免許証・在留カード・パスポート・身体障害者手帳・公的医療保険の被保険者証のどれか
• マイナンバーが記された住民票のコピーか住民票記載事項証明書を用意した場合：運転免許証・在留カード・パスポート・身体障害者手帳・公的医療保険の被保険者証のどれか

• 申告書B（第一・第二表）
• 申告書第三表（分離課税用）
• 所得税および復興特別所得税の確定申告書付表
• 株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書
• 金融機関での税金を払うための納付書

はじめに取り掛かるのは、株式等に係る譲渡所得等の金額を算出するための計算明細書の作成です。譲渡益の額・取得費用・手数料をはじめ、譲渡益の額から取得費用・手数料を引いた額、譲渡を介した口座の詳細、譲渡日、譲渡した株式数、株式名を書き入れます。

次は、申告書B第一・第二表への記載です。第一表には収入、所得額、控除額、源泉徴収額などを、第二表には所得の内訳、所得に対する控除額などを記載します。また、住民税の払い方を書き入れる箇所も見落とさないようにしましょう。

給料を得ている方が給料所得・公的年金所得を除いた所得への住民税を、給料から差し引くのか、別途で納めるのかを記載します。続いて、第三表は、分離課税の対象となる所得がある場合に用いられるものです。株式譲渡に係る収入・所得額・税金額を記入します。

株式譲渡後の確定申告で生じる税金は所得税・復興特別所得税・住民税の3つで、合計20.315%の税率です。分離課税方式で税金を支払いますが、上場株式と非上場株式の損益通算はできません。それぞれ別個に税額を計算します。

株式譲渡後の確定申告で生じる税金には、所得税・復興特別所得税・住民税が挙げられます。復興特別税は、東日本大震災からの復興を支援するための税金で、2013（平成25）～2037（令和19）年までの時限税です。

株式譲渡後の確定申告での税率は、所得税15％・復興特別税0.315％、住民税5%の合計20.315%です。ここで念のため、分離課税と総合課税の確認をしておきましょう。

利子・退職・山林・不動産の譲渡・株式などの譲渡所得は、そのほかの所得と分けて所得額と税額を計算する分離課税になります。株式譲渡で得た利益は譲渡所得と判断され、課税率は20.315%です。上場株式・非上場株式のどちらでも、同じ課税率とされています。

配当・不動産・事業・給与所得などは総合課税にあてはまり、所得税は全ての所得を合わせてから所得控除した金額に、変動する税率（累進税率）をかけて計算されます。総合課税の税率と控除額は以下のとおりです（所得額は1,000円未満切り捨て）。
 

株式譲渡をすませてから確定申告する際、払う税金額を計算するためには、収入から取得費・譲渡費を引いた値に課税率をかけて税金額を求めます。

• 譲渡所得=譲渡収入金額－（取得費+譲渡費用）
• 税額=譲渡所得×20.315%

株式譲渡で確定申告が不要でも、確定申告した方が得するケースがあります。どんな得があるのか確認しておきましょう。

株式やFX、投資信託などの金融商品取引が年間通算で譲渡損だと、納税義務が発生しないため確定申告は不要です。しかし、譲渡損の金額を確定申告しておくと、翌年から3年間、損金を繰越せて、利益が出た場合に損益通算できるようになります。

株式譲渡の利益だけでなく、FX、投資信託などほかの金融商品取引全ての利益と損益通算でき、節税が可能になるのです。

源泉徴収あり特定口座の場合、証券会社が源泉徴収するので確定申告の必要はありません。ただし、源泉徴収は口座ごとに行われます。複数の源泉徴収あり特定口座があるとき、利益の出た口座は源泉徴収され、損失を被った口座は源泉徴収されないという扱いです。

つまり、証券会社では複数の口座を損益通算して源泉徴収するわけではありません。そこで、自身で確定申告することで損益通算した額が明らかになりますから、源泉徴収された税額から損失が出た口座分の還付が受けられます。

上場株式の配当がある場合、分離課税扱いとなり20.315%の税率で源泉徴収されたうえで配当を受け取ります。しかし、配当所得は制度上、分離課税と総合課税の選択が可能です。総合課税を選択した場合、税率はほかの所得で合算された金額で決まります。

また、分離課税では行われない配当控除があるため、一定額が控除されたうえでほかの所得額に合算される決まりです。具体的には、合計所得が695万円未満であれば、確定申告して配当所得を総合課税とした方が節税になります。

株式譲渡で赤字が生じる場合、確定申告の完了により赤字が繰り越されます。対象株式が上場株式の場合、3年にわたって赤字の繰り越しが可能です。

株式譲渡で赤字が生じた場合、株式の種類（上場・非上場）を問わず、確定申告で税金の払いはありません。上場株式を株式譲渡して赤字が出た場合、確定申告を行えば、生じた赤字を翌年から3年にわたって繰り越せます。

翌年に株式譲渡が黒字となっても、前年の赤字と相殺でき、課税額を減少できるのです。ただし、非上場株式は株式譲渡で赤字が生じても繰り越しできません。

上場株式の株式譲渡で赤字が生じた場合、確定申告を必要としないものの、申告することにより赤字を繰り越せます。その際の確定申告における提出書類は下記のとおりです。

• 確定申告書第一表・第二・第三表（分離課税用）
• 株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書
• 所得税および復興特別所得税の確定申告書付表

株式譲渡をした場合、場合によっては確定申告をする必要があります。株式譲渡で利益が得られると譲渡所得に課税が生じますので、株式を譲る際は専門家へ協力を依頼するとよいでしょう。

M&A総合研究所は、中堅・中小規模の案件を扱うM&A仲介会社です。弁護士が在籍しており、M&Aの専門知識・支援実績豊富なアドバイザーによる一貫サポートを行っています。

料金システムは、成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）。株式譲渡の際は、ぜひ一度、M&A総合研究所へご相談ください。無料相談は、電話・メールフォームにて随時、お受けしております。

株式譲渡をすませると、場合によっては確定申告が必要です。確定申告は、株式譲渡を介する口座の種類によって、必要書類に違いが見られるため、全ての書類がそろっているかの確認が大切となります。本記事の概要は以下のとおりです。

・特定口座の株式譲渡で必要な書類
→年間の特定口座取引報告書
→株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書
→源泉徴収票

・一般口座の株式譲渡で必要な書類
→株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書
→源泉徴収票

・株式譲渡の税率
→分離課税：20.315%（2022年10月現在）
→総合課税：所得税は累進税率（5%～45%）、復興特別所得税が所得税額の2.1%（2037年まで）、住民税10%