株式取得にかかる費用を徹底解説！税金や手数料の内訳と計算方法、節税策まで

株式譲渡は中小企業のM&Aシーンで広く活用されている手法です。譲受側が譲渡側の株式を買い取って、譲渡側の経営権を取得する取引をさします。株式譲渡を行うと、譲渡側では譲渡所得を得られるため、アーリーリタイアや別事業への投資などを目的に、株式譲渡を検討する経営者も多いです。

特に上記の目的で株式譲渡を行う場合、課される税金の知識を知る必要があります。本章では、株式譲渡を行った人へ課せられる税金の概要を見ていきましょう。
下記に個人や法人が株式譲渡を行った際に課せられる税金を表記するので参考にしてください。

 

個人の株主が株式譲渡によって譲渡益を手に入れた場合、これに対して譲渡所得税と呼ばれる税金が課されます。
譲渡益とは、株式の譲渡価額から「株式の取得価額・取得にかかった費用」と「株式譲渡にかかった費用」を差し引いて算出される利益で、株式譲渡ではこの金額に対して前述の表に記載されている通り、所得税と復興特別所得税、住民税の3つの税金が課せられます。

ここからは、個人株主が株式譲渡を行う際の3つの税金を詳しく紹介します。

所得は10種類に分かれ、それぞれの所得で税金の計算方法が異なります。株式譲渡で得た所得は譲渡所得税とみなされ、国税として15%の所得税が課される決まりです。法人が株主である場合の株式譲渡では、法人税が課税されます。法人の株主には、30%〜40%程度の法人税が課される決まりです。

株式譲渡では、所得税だけでなく地方税にあたる住民税も課されます。株式譲渡における地方税は分離課税で、5%の課税を受ける仕組みです。そのため、所得税と加えると20％の税金が課されます。法人が株主である場合は、法人住民税 （法人税額の約20%）が課される決まりです。

2013年1月1日から2037年12月31日までの期間、東日本大震災からの復興財源を確保するため、復興特別所得税が課されます。これは所得税額に対して2.1%が上乗せされるものです。個人の株式譲渡の場合、所得税15%に2.1%を乗じた0.315%が追加で課税されます。

結果として、所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%＝合計20.315%が、譲渡所得に対する税率となります。

続いて、株式譲渡にかかる譲渡所得税の計算方法を見ていきましょう。まずは以下の計算式を活用して、株式譲渡における譲渡所得の金額を求めます。

• 譲渡所得＝総収入金額（譲渡価額）－必要経費（取得費＋M&A仲介手数料など）

総収入金額とは、実際に株式の譲渡対価として手に入れた金額のことです。株式譲渡の当事者双方が協議したうえで決定されます。必要経費とは、譲渡を行う株式を取得した際に発生していた「取得費」およびM&A仲介会社などに支払う「委託手数料」などの総称です。

株式譲渡にかかる税金は、譲渡所得の金額をもとに求めます。譲渡所得にかかる税金は譲渡所得に対して20.315%課されるため、以下の計算式で求めることが可能です。

• 譲渡所得税＝譲渡所得✕20.315%

ここでは、具体的な例を用いて譲渡所得税を計算してみましょう。
【条件】
・株式の譲渡価額：10億円
・株式の取得費（資本金の額）：1億円
・譲渡費用（M&A仲介手数料など）：500万円

まず、譲渡所得を計算します。

• 譲渡所得 = 10億円 - (1億円 + 500万円) = 8億9,500万円

次に、この譲渡所得に税率をかけて税額を算出します。

• 譲渡所得税 = 8億9,500万円 × 20.315% = 1億8,181万9,250円

このケースでは、Aさんに課される譲渡所得税は約1億8,182万円となります。
 

法人株主が株式譲渡を行う際に課せられるのは以下の3点です。

• 法人税
• 法人事業税
• 法人住民税

企業主である、法人の所得に課せられる税金が法人税です。
法人が株主譲渡を行えば、株式売却で取得した売却益に対して法人税が課せられます。

法人税の税率は法人の所得によって異なりますが、企業の規模によって軽減されるケースも多く見受けられます。

 

法人が行う事業に対して課せられる税金を法人事業税といいます。
株式譲渡も法人が手掛ける事業の1つとみなされるため、譲渡金も法人事業税の対象となります。

法人事業税の金額は都道府県や市町村によって異なり、固定資産税評価額などに基づいて算出されるのが一般的です。

 

法人住民税とは地域社会運営の費用に関する費用として、法人にも個人と同様に税金の負担を求めるものです。
道府県民税と市町村民税があり、事務所等を有する法人にその事務所等が所在する都道府県及び市町村が課税をします。

法人住民税も法人事業税と同様に税額が都道府県や市町村で異なり、法人税額に一定率を乗じて計算されます。
 

まずは、基本的な取得費の算出方法を見ていきましょう。

1. 1単位当たりの取得費＝〔（取得単価×取得株式数）＋買ったときの手数料など＋消費税〕÷株式数
2. 譲渡する株式の取得費＝1株当たりの取得費×譲渡する株式数

2回以上に分けて株式を買うときは、総平均法に則します。株式などを種類や銘柄ごとに分け、種類などが同じものに関して計算しましょう。

1. 1単位当たりの取得費＝（株式の初回購入総額＋2回目以降における総額）÷（株式の初回購入における株式総数＋2回目以降購入の株式総数）
2. 譲渡株式の取得費＝1株当たりの取得費×譲渡する株式数

株式取得費を確認するには、株式を買う際に証券会社から交付される取引報告書をチェックする方法、株式購入先の証券会社により顧客勘定元帳で取得費を調べてもらう方法などがあります。

金融機関では、顧客勘定元帳の10年間保存が決められています。10年以内に故人である被相続人が得たものは、証券会社へ問い合わせましょう。故人の日記や預金通帳などから取得価額を探す場合は、取得時期がわかると、当時の相場から株式の取得費が算定可能です。

名義書き換え日の相場を基にチェックする場合は、株式発行会社や名義書き換えの受託先である証券代行会社に、株式名簿や複本、株式異動証明書を確認してもらえば株式の取得時期がわかります。株式電子化後における株券の裏面で確認も可能です。

株式を譲渡して譲渡損が生じるときは課税されないので、申告を行わなくてかまいません。ただし、申告すると得になるケースもあることを覚えておきましょう。

株式取得の費用は、株式の対価だけではありません。M&Aを成功させるためには、専門家の協力が不可欠であり、それに伴う手数料も発生します。ここでは、株式取得に際して発生する主な費用や手数料の内訳を解説します。

株式取得で最も大きな割合を占める費用が、売り手へ支払う株式の取得対価です。この金額は、対象企業の価値を算定する「企業価値評価（バリュエーション）」の結果を基に、当事者間の交渉によって最終的に決定されます。

M&A仲介会社やファイナンシャル・アドバイザー（FA）に業務を依頼した場合に支払う手数料です。料金体系は会社によって異なりますが、一般的には取引金額に応じて手数料率が変動する「レーマン方式」という成功報酬体系が採用されています。着手金や中間金が発生する場合もあります。

デューデリジェンス（買収監査）は、買い手候補が対象企業の財務・法務・税務などのリスクを調査するプロセスです。各分野の専門家（弁護士、公認会計士、税理士など）に依頼するため、調査範囲や規模に応じて数百万円から数千万円の費用が発生します。

株式の取得価額は、税金を納める際に必要なものです。ここからは、取得価額の確認方法や金額の算出方法、注意すべき点などを解説します。

株式の取得価額とは、その株式を手に入れるために要した費用の総額です。具体的には、株式の購入代金や払込代金に加え、購入時に証券会社へ支払った手数料や消費税などが含まれます。

株式を売却して得た利益（譲渡所得）を計算する際、この取得価額は売却価格から差し引かれるため、税額を決定する上で非常に重要な金額です。取得価額が不明な場合、税負担が重くなる可能性があるため、正確に把握しておく必要があります。

株式の価格には、「取得価額」と「時価」の二つの概念が存在しますが、それぞれ異なる意味を持っています。時価は、通常の株式取引で決まる株価のことで、上場している株式の場合、株式市場での取引価格がこの時価になります。

一方、市場に上場していない株式の場合、自由な市場取引が存在しないため、自然に時価が決まることはありません。このような非上場株式の時価は、税法に基づいて特定の方法で計算されます。非上場株式の取引価格は、売買する当事者の意見や見解が影響を与えるため、必ずしも公正な価格とはいえないことがあります。

そのため、税法で定められた時価の計算方法は、これらの主観的な影響をできるだけ除外し、非上場株式の公正な価格を決定するために用いられます。

もし株を売って、その日のうちに同じ株を買い戻すと、元の持っていた株の価格と買い戻した価格を合わせた平均が、新しい株の価格（取得価額）になります。

例えば、1000円で持っていた株を1100円で売り、同じ日に1090円で買い戻した場合、1000円と1090円の平均値、つまり1045円が新しい取得価額です。そして、この取得価額1045円と売った時の1100円の差額55円が税金の計算対象になります。

もし翌日以降に買い戻した場合は、元の1000円がそのまま取得価額となり、売った価格1100円との差額100円が税金の計算対象です。この点に注意が必要です。

株式を購入した際の税金を決めるときは、時価ではなく、取得価額が基になります。時価とは株式を購入した時の価格をいいます。

正しい税金額を出さなければ誤った確定申告となり、修正申告を求められることにつながりかねません。専門的な知識が必要になることもあるため、わからなければ専門家に相談しながら、正しい取得価額の把握に努めましょう。

株式取得価額には、通常の計算方法とは異なり、調整が必要なケースもあります。それだけでなく、同じ銘柄を2回以上購入するときは別の計算方法を採用します。それぞれを詳述しましょう。

株式取得の一般的な算式は下記のとおりです。

• 1株あたりの取得費：（単価×数+委託手数料+消費税）÷株数
• 譲渡株式の取得価額：1株当たりの取得費×株数

この算式に当てはまらない場合、1単位当たりの取得費が調整される場合があります。以下のようなケースです。

• 株式分割や併合が行われた場合
• 同一種類の株式を株主割当てにより取得した場合
• 課税の繰延べの対象となる合併により合併法人の株式等を取得した場合
• 課税の繰延べの対象となる分割型分割により分割承継法人の株式等を取得した場合
• 株式分配により完全子会社の株式等を取得した場合
• 課税の繰延べの対象となる株式交換または株式移転により株式交換完全親法人または株式移転完全親法人の株式等を取得した場合
• 課税の繰延べの対象となる株式交付により100%親会社の株式を取得した場合

いずれにしても、専門的な内容になるため、証券会社など取引金融機関や税理士、会計士、M&Aの専門家などに相談するとよいでしょう。

同一銘柄を2回以上購入し、その株式の一部を譲渡した場合、総平均法に準じた計算方法によって、1単位当たりの金額を基に取得費を導き出します。これは、株式をその種類や銘柄を区分して、その種類等の同じものについて計算する方法です。下記は、総平均法に準じた算式です。

• （A+B）÷（C+D）＝1単位当たりの金額

上記のAは、株式等を購入した際の総額。Bは、株式等の購入から譲渡までの総額。Cは、Aに係る株式等の総数。Dは、Bに係る株式等の総数。過去の取引履歴を基に計算するため、取引に関する書類は保管しておき、専門家などに相談する際は準備しておくとよいでしょう。

取得価額は以下の方法で確認しましょう。

• 取引報告書で確認
• 証券会社などの取引会社に確認
• 金融機関の預金通帳などで確認

証券会社などから渡される取引報告書には取得費の記録が載っています。必要な時にすぐに確かめられるよう、取引報告書は保管しておきましょう。取得金額は、それ以外にも「月次報告書」「取引残高報告書」「受渡計算書」などでもわかります。

証券会社などの金融商品取引会社は、「顧客勘定元帳」を保管しています。法律で定められている法定帳簿の一つです。取引の売買および入出金の履歴が記載され、10年間の保存義務があります。

取引している金融会社に連絡をして顧客勘定元帳を請求すれば、有料で発行してくれます。その際は、取得金額がわかるように、取得日を含む期間をいつからいつまでと指定してください。

上記の取引報告書や顧客勘定元帳がない場合、自身の預金通帳の記入内容から取得費がわかります。場合によっては、個人的な日記など何か記しているものを残していれば、取得価額の確認に使用できることもあるでしょう。

国税庁のWEBサイトに、下記の「上場株式等の取得価額の確認方法」というPDFが掲載されています。取得価額を確認する際の手順は下記のような流れですので、参照するとよいでしょう。

①取引報告書：証券会社などから送られてくる取引報告書で確認。
②顧客勘定元帳：取引金融機関が保存する顧客勘定元帳で確認。
③本人の手控え：預金通帳、日記帳、メモなどで確認。
④名義書換日の確認：名義書換日を調べ、当時の相場を基に計算。

これまで取り上げた方法でもわからず、譲渡した株式が相続したものであったり、購入した時期が古かったりして、取得価額がわからない場合、最後の選択肢として、次の2つの取扱いが認められます。

• 名義書換の日付の株価を確認する
• 売却代金の5％を取得費相当額とする

株式の発行元に名義書換日を問い合わせてみます。株主名簿や株式移動証明書から取得日がわかることもあります。上場株式の場合、取得日を基に、新聞やWEB上のファイナンス情報などで株価を調べられるかもしれません。

次に、株式の売買代金の5％を取得価額とする方法があります。「概算取得費」という計算方法です。概算取得費は、土地建物で適用されるものですが、株式に活用される場合もあるのです。ただし、あくまでも概算なため正確な数字とはいえません。最終手段と捉え、損をすることのないようにしましょう。

参考：譲渡した株式等の取得費｜国税庁

株式を取得する際は、株の現在価値や権利を行使するための価格だけでなく、証券会社への手数料や消費税も支払います。これらの手数料と税金は、株の価格に加えて計算され、株式取得のための全体の費用に含まれます。

ただし、名義変更料など、株を買う際の総費用に含まれないこともある特定の費用があります。これらの費用については、一般の人には判断が難しい場合が多いので、会計士などの専門家に相談するのが良いでしょう。

給与を1カ所のみから受けており、給与の年間収入金額が2,000万円以下の給与所得者であれば、確定申告は不要です。しかし、このケースでも、給与以外の所得が20万円を超えた場合には確定申告が求められます。

ただし、株式譲渡時の所得が20万円を超えないケースはほとんど存在しないでしょう。大半の株式譲渡では、申告の義務が生じると捉えておきましょう。譲渡所得は申告分離課税の制度が適用されます。その他の所得における損益通算が行えない点も要注意です。

所得税は、種類によって総合課税と分離課税に大まかに分けられます。総合課税とは、対象となるすべての所得を加算した金額に対して課税を行う方法のことです。事業所得・給与所得・配当所得・不動産所得などが代表例として挙げられます。

分離課税とは、他の所得と合計せずに独自の税率をかけて税金を計算する方法のことです。退職所得・山林所得・譲渡所得（土地建物・株券）・利子所得などが該当します。株式譲渡は株式の売買であるため、総合課税ではなく分離課税です。そのため、その他所得との損益通算はできません。

この章では、株式譲渡時の課税に関するポイントを見ていきましょう。

所得税および復興特別所得税は、翌年の3月15日までに確定申告を実施し納税します。一方、住民税は、申告年の4月〜5月頃に自治体から納付書が届き次第支払う仕組みです。

所得税および復興特別所得税の支払いで安心して残金をすべて使用すると、住民税の支払いが行えないおそれがあるため注意しましょう。

通常、株式譲渡における税金は譲渡益を得る売り手側に課されます。しかし、買い手側（譲受側）でも例外的に課税されるケースがあるため注意が必要です。例えば、個人間において時価よりも著しく低い価額で株式を取得した場合、その時価との差額分が贈与とみなされ、贈与税が課される可能性があります。

また、売り手が個人で買い手が法人の場合、法人側は時価で株式を取得したものとみなされ、差額分は受贈益として法人税の課税対象になることがあります。こうした意図しない課税を避けるためにも、取引価額の妥当性については専門家へ相談することをおすすめします。

株式譲渡によって売却益を得ても、多額の税金が課されます。しかし、節税対策の実施により、ある程度のお金を手元に残せる可能性があるのです。売り手側の節税対策として最も有効な方法は、退職金制度の活用です。退職金の活用次第では、支払う税金の額を減らせます。

具体的にいうと、経営者である株主個人が株式譲渡により会社経営からリタイアする際、受け取る退職金の額を調整すれば手元に残る額を増やせる可能性があるのです。

このように、株式譲渡を行う際は節税対策を考慮する必要もあるため、専門家からサポートを受けながら進めると良いでしょう。専門家選びにお悩みの場合は、ぜひM&A総合研究所にお任せください。

M&A総合研究所は、中小・中堅規模のM&A成約実績を豊富に持つ仲介会社です。ご相談からクロージングまで、知識・経験の豊富なM&Aアドバイザーが、案件をフルサポートいたします。

料金体系は、成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です。（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります。）無料相談をお受けしておりますので、どうぞお気軽にお問い合わせください。

上場株式の売却によって損失が生じると、分離課税で確定申告すれば節税が可能です。

〇証券の特定口座で生じた譲渡損があるとします。それを、△証券における特定口座の配当益・譲渡益と一緒に申告すれば、損失と利益を相殺して所得額を下げられるのです。損失が残った場合は、翌年から3年間は引き続き確定申告をすると損失を繰り越せます。

事業承継を円滑に進めるための特例制度として「事業承継税制」があります。これは、後継者が中小企業の非上場株式を相続や贈与で取得した際に、相続税や贈与税の納税が猶予・免除される制度です。

特に、2018年度の税制改正で創設された「特例措置」は、2027年12月31日までに行う贈与・相続が対象で、納税猶予の対象となる株式数の上限（発行済株式総数の3分の2）が撤廃され、猶予割合も100%に拡大されています。

この特例措置の適用を受けるには、2026年3月31日までに「特例承継計画」を都道府県に提出・確認を受ける必要があります。手続きが複雑なため、利用を検討する際は税理士などの専門家への相談が不可欠です。

株式などの譲渡に関する特例で、主なものは下記になります。

• 特定口座制度
• 上場株式などにかかる譲渡損失と上場株式などにかかる配当所得などとの損益通算
• 上場株式などにかかる譲渡損失の繰越控除
• 特定管理株式などが価値を失った場合の株式などにかかる譲渡所得などの課税の特例
• 非課税口座内の少額上場株式などにかかる配当所得および譲渡所得などの非課税措置（NISA）
• 未成年者口座内の少額上場株式などにかかる配当所得および譲渡所得などの非課税措置（ジュニアNISA）

相続した株式を譲渡する場合は、取得費加算の特例が利用できます。譲渡した株式の相続税額を取得費にプラスできる制度です。取得費が増加すれば、譲渡所得は減少するので、課税額を抑えられます。この特例は、上場株式と非上場株式で活用可能です。

ただし、相続税申告期限の翌日から3年以内に株式の譲渡が必要で、確定申告もしなければなりません。

本記事では、株式譲渡の税金に関する最低限の知識を重点的に紹介しました。株式譲渡は、中小企業のM&Aで最も活用されている手法です。税金に関する知識をしっかりと身につけたうえで実施しなければ、将来的に思わぬ事態を招くリスクがあるでしょう。

税金の知識を持たずに独断で節税を実施すると、脱税や租税回避などとみなされる危険性もあります。専門家からサポートを受けることをおすすめします。