M&Aで生じる税金は？税務について徹底解説！

社会における価値観の多様化は、会社経営の場面にも影響が及んでいます。その結果、経営戦略にも様々な考え方が用いられるようになりました。その中の最も顕著な例として、M&Aを積極的に活用するケースが増えてきたことです。

経営不振や事業承継問題の解決、事業からのリタイアや新事業の立ち上げ資金など、経営者の状況によって、M&Aの目的は異なります。しかし、会社の現状を変える手段として、M&Aの実施は浸透してきているのは間違いありません。

M&Aの目的が各社様々であるのと同じように、M&Aの手段もいくつかの選択肢があります。具体的には、主として用いられるM&Aの手法は、株式譲渡、事業譲渡、会社分割の3つです。その中から、各社の状況・目的に合わせて、適するM&Aの方法を選ぶことになります。

その時、気をつけたいのが、株式譲渡、事業譲渡、会社分割では、M&Aとしての手続き内容の違いだけでなく、発生する納税義務の種別も変わるということです。課税される税金の種別が変わるということは、税率も異なることを意味します。

つまり、同じように見えるM&A手法でも、選択した手段によっては、納税後、手元に残る現金に大きな差が出る可能性があります。あるいは、買収側の場合、消費税がかかるような手段では、準備資金額に影響が出る場合もあります。

したがって、事前にどのような税金がM&Aで課税されるのかを把握したうえで、M&Aの手段を選択することが望ましいでしょう。

本記事では、株式譲渡、事業譲渡、会社分割のM&A手段としての特徴を記すとともに、課税内容と税務について明らかにします。

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まずは、3つのM&A手法のうち、株式譲渡について説明していきます。M&Aの一般的なイメージである会社売却に合致するのが株式譲渡です。

株式譲渡では、最終的にどのような課税を受けるのでしょうか。

会社を売却する側が買収する側に対して、その会社の株式全てを対価によって譲渡することが、M&Aの株式譲渡です。

株式譲渡の特徴、具体手続きの概要、そして課税される税金と税務について順を追って見ていきましょう。

株式譲渡とは、全ての株式を売却して譲渡することによって、相手に会社の経営権を移転するM&A手法です。株式会社の制度上、保有する株式数とは、すなわち議決権数ですから、過半数以上の株式を取得すれば事実上、会社の経営権を得たことになります。

また、3分の2以上の株式を保有していれば、合併やM&A、会社の解散など企業の存続に関わる事項を単独で決議することも可能です。

したがって、M&Aとして株式譲渡が行われる場合、会社の経営を揺るぎなくするため、全ての株式を譲渡する手立てが行われます。

非公開会社のM&Aで株式譲渡をする場合には、売却側社内での譲渡承認の手続きが必要です。承認手続きには株主総会の開催が必要ですが、定款によっては、取締役会での決議でも代用できます。M&Aの交渉成立後、最終契約を締結し、株主名簿を書き換えることで株式譲渡は完了します。

株式譲渡の場合、他のM&A手法との比較では手続きの簡便さが特徴です。多くの中小企業のM&Aにおいても、株式譲渡が用いられています。

このことから、株式譲渡の場合、M&Aが成立する決め手となるのは、売り手と買い手の条件がいかに合致するかという点です。それと同時に、いかに早くお互いの条件が合う企業を見つけられるかもポイントになります。

株式譲渡で課税される税金は、売り手が対象です。そして、売り手が個人か法人かによって課される税金の種類が変わるため、税務も異なります。

個人と法人、それぞれ個別に説明します。

M&Aの株式譲渡で売り手が個人の場合とは、オーナー経営者が自身の所有する会社の全株式を買い手側に売却するケースです。非上場の中小企業では、ほとんどがこれに該当するでしょう。そして、個人が株式譲渡で得た利益に課せられる税金は譲渡所得税です。

通常の給与や報酬などに課税される所得税とは別立てとなる、分離課税として扱われています。譲渡所得に課税される税率は20.315%です。その内訳は所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%ですが、復興特別所得税は2037（令和19）年までの時限措置となっています。

また、譲渡所得とは株式売却代金ではありません。株式売却代金から、株式の取得費と株式譲渡時の支出費用を差し引いた金額が譲渡所得です。取得費とは、会社設立時の出資額と株式発行に関わる手数料や名義書換料などが該当します。

株式譲渡時の支出費用とはM&Aの実行に要した金額で、これに該当するのはM&A仲介会社に支払った手数料などです。以上をまとめると下記のようになります。

• 譲渡所得＝売却金額−諸費用（譲渡費用、取得費用）
• 税金＝譲渡所得×20.315%（所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%）

株式譲渡の税務では1つ注意点があります。それは、所得税と住民税の納税時期が異なることです。所得税は、毎年2月16日から3月15日までの期間に、前年1月から12月分の確定申告を行い納税します。

一方、住民税の場合は、課税事象が発生した翌年6月に納付書が届き、税金の支払いを行います。とかく納税は確定申告時期だけと思い込みがちです。住民税の納税資金の確保も忘れずにいてください。

M&Aでは、法人が子会社など、所有している他社の株式を譲渡することもあります。法人が株式を売却するわけですから、その譲渡益に対して法人税が課税されます。譲渡益の算出方法は、個人の譲渡所得の場合と同様です。

法人税の税率は、その会社の資本金額や利益額によって変動するため一定ではありません。普通法人の場合、2019（令和元）年現在の税率は、15%、19%、または23.2%のいずれかとなります。また、確定申告時に利益が0円以下なら法人税の課税は受けません。

• 譲渡益＝売却金額−諸費用（譲渡費用、取得費用）
• 税金＝譲渡益×法人税率

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株式譲渡を利用したM&A

3つのM&A手法のうち、続いては事業譲渡について説明します。事業譲渡の際の税金、税務の前に、事業譲渡とはどのようなものなのかという基本的なことから確認していきましょう。

会社にある事業の一部、あるいは全部について、事業を単位として第三者に売却することをM&Aの事業譲渡と言います。

株式譲渡とは異なる、その特徴や手続き内容と課税される税金について順次、ご覧ください。

事業譲渡は、会社を丸ごと譲渡する株式売却とは異なり、事業単位で譲渡を行います。事業に付随する資産などについても、選別して譲渡交渉がなされます。大きな特徴としては、会社の経営権は譲渡されないので、会社はそのまま継続するという点です。

事業譲渡は、中小企業のM&Aでは株式譲渡に次いで活用される事例が多くなっています。経営資源の少ない売却側企業が、事業の選択と集中を実施する場合や、不採算部門の切り離しなどによる企業再生という側面もあります。

また、事業譲渡は、買い手側にとってもメリットがあるM&Aです。株式売却でM&Aを実施すると、簿外債務や不要な資産等も引き継ぐことになります。特に簿外債務は、M&A後に大きな損失をもたらす要因にもなりかねません。

その点、事業譲渡では事業以外の資産についても買収するものを選べるので、簿外債務のような経営リスクのあるものを引き継がずにM&Aを遂行できます。

事業譲渡を他のM&A手法と比較すると、その手続きは複雑で面倒な点があるのは否めません。株式譲渡では発生しない、事業譲渡ならではの手続きは主たるものだけでも以下のものが挙げられます。

• 各種報告書の提出
• 株主に対する通知・公告
• 株主総会での特別決議
• 財産等の名義の個別変更

この他にも、事業主体である会社が変わるわけですから、買収側企業では事業許認可の取り直しや取引先との契約締結し直しなども加わってきます。しかし、手続きの煩雑さだけでM&Aの方法を決めるわけにもいきません。

自社にとって最も望ましいM&Aとはどの方法であるか、専門家とよく協議して判断すべきです。M&Aをご検討の際は、ぜひ一度M&A総合研究所にご相談ください。

M&A総合研究所では、M&Aに豊富な知識と経験を持つアドバイザーがM&Aをフルサポートいたします。

金体系は成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）。無料相談をお受けしておりますので、お気軽にお問い合わせください。

事業譲渡を用いたM&Aでは、売り手と買い手それぞれに別の税金が課されます。売り手に対しては法人税、買い手に対しては消費税です。それぞれの税金の詳細について確認してみましょう。

事業譲渡で買い手側に売却を行う当事者は会社です。したがって、売却によって得た譲渡益に対して会社に法人税が課税されるわけです。譲渡益の算出方法は、譲渡価格から譲渡した資産の簿価を差し引いて求めます。

また、事業譲渡益に法人税が課されるケースでは、合わせて地方法人税、法人住民税、事業税も課税されることとなります。

それら4つの税金全てを合わせた実効税率は2020（令和2）年現在、約31～35%となっています。これらをまとめると以下のとおりです。

• 譲渡益＝譲渡価格−譲渡資産の簿価
• 税金＝譲渡益×実効税率

ただし、法人税の場合、確定申告時に他の事業収支と合わせて所得が算出されることになりますから、仮に事業所得が赤字であった場合、その分、税額は目減りし、さらには課税されない事態もあり得ます。

事業譲渡によるM&Aでは、買収側に消費税が課されます。ただし、売却側が譲渡代金とともに徴収し、税務署に納付することになります。消費税課税の理由は、M&Aの事業譲渡は資産の売買であり、一般の商取引と同等と見なされているためです。

ただし、事業譲渡の場合、課税される資産と課税されない資産に分別されており、税務ではこの点への注意が必要となります。課税資産と非課税資産の内訳は、下記のとおりです。

• 課税資産：土地以外の有形固定資産、無形固定資産、棚卸資産、のれん代（営業権）
• 非課税資産：有価証券、土地、債権

課税資産である有形固定資産とは設備、施設、機材、10万円以上の備品などです。無形固定資産とは特許権や商標権、意匠権やソフトウェアなどになります。棚卸資産とは、事業における販売を目的として売却側が保有・保管していた製品やその原材料などです。

事業譲渡における消費税は、支払い義務を持つ買収側の税務であるばかりでなく、仮受けして納付する立場の売却側でも行わなければならない税務となります。課税資産と非課税資産の仕分け後、以下の計算式で消費税を算出します。

• 税金＝（譲渡価格−非課税資産総額）×消費税率

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3つ目のM&A手法である会社分割に関して説明を進めます。まずは、会社分割とはどのようなものかという点から見ていきましょう。

会社の中の事業を組織ごと切り出して、会社を新設したり、既存の会社に譲渡・承継したりするM&Aの手法が会社分割です。

事業譲渡と類似する点もあり、その違いについても確認していきましょう。

会社分割とは、M&Aの中でも組織再編行為という位置づけがされている手法です。​​​​​事業譲渡のように譲渡益が目的となるのではなく、​​会社再編、事業再編、グループ再編、そして、他社との共同事業ということを目的として行われます。

そのため、会社分割におけるM&Aの対価は、ほとんどのケースで株式の交付です。したがって、高額な出費を伴わずに行えるM&Aという特徴も持っています。

出費は伴わない会社分割ですが、手続きとしては事業譲渡とほぼ同じ内容となり、手順の概略としては、以下のようなものです。

1. 取締役会決議
2. 分割契約締結
3. 債権者保護手続き
4. 株主総会特別決議
5. 登記申請

手続き面での事業譲渡との大きな違いは、外部との取引契約などはそのまま移転できるため再契約等の必要はありません。

また、従業員個々からの同意は必要ですが、雇用契約を包括的に引き継ぐことが可能です。事務手続き面での負担は、会社分割のほうが低いと言えます。

会社分割は組織再編行為という位置づけであるため、課税について特別な優遇措置が取られています。どのような優遇措置なのか詳しく見ていきましょう。

繰り返しになりますが、会社分割は組織再編行為と位置づけされています。つまり、形式が似ている事業譲渡とは違って、商取引とは見なされません。

商取引ではないということは、消費税の課税対象にはなり得ないのです。したがって、会社分割では消費税は課税されません。

会社分割を実行するにあたって、その会社分割を行う会社に対し、法令で規定されている適格要件というものが存在します。この適格要件を満たした会社分割を行った場合、引き継がれる資産は簿価で計算されることになり、この場合、何の課税措置もありません。

しかし、適格要件を満たしていない会社分割の場合は、引き継ぎ資産等は時価で計算されることになるため、法人税が課税されることになってしまいます。この税負担の差はとても大きなものです。

適格要件は、会社分割を行う会社と、分割された事業を引き継いだ会社との資本関係やその有無などによって、3種別あります。そして、その種別ごとに必要な適格要件は異なっています。会社分割を実施する際は、適格要件の詳細について確認を行って進めましょう。

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同じM&Aと言っても、株式譲渡、事業譲渡、会社分割では税務上、全く異なるものだということがおわかりいただけたでしょう。

そして、税務として残る課題は、できるだけの節税対策を立てることです。そこで、2つの節税案を提示します。

3つのM&Aのうち最も用いられることが多い、株式譲渡で実施可能な節税対策が役員退職慰労金の活用です。M&Aでの譲渡価格の一部を退職金として受け取ることで、税金を引いた後の手取り額が多くなる場合があります。

どういうことかというと、退職金に対する所得税の税率は、ある一定額までは譲渡所得にかかる税率よりも低いのです。税率詳細を確認してシミュレーションすることで、どの程度、手取り額が多くなるかもわかるはずです。

ただし、税務の知識がないまま自己判断で実行してしまうと、何かミスが発生するリスクもあります。やはり、この場合も安心できる専門家に、まず相談してみましょう。

M&Aをご検討の際は、ぜひ一度M&A総合研究所にご相談ください。M&A総合研究所では、M&Aに豊富な知識と経験を持つアドバイザーがM&Aをフルサポートいたします。

料金体系は成約するまで完全無料の「完全成功報酬制」です（※譲渡企業様のみ。譲受企業様は中間金がかかります）。無料相談をお受けしておりますので、お気軽にお問い合わせください。

M&Aを現実に行った際の課税時の対策ではなく、納税上、どのM&Aの手法を選ぶと節税につながるかという観点で、本記事の内容をおさらいします。また、組織再編行為である会社分割は選択肢から除きますので、株市譲渡と事業譲渡、どちらがいいかという話になります。

この場合、ポイントは税率です。個人と法人という違いがあるため、公平な比べ方にはなりませんが、株式譲渡での譲渡所得への課税率は20.315%であるのに対し、事業譲渡での法人税の実効税率は約31～35%になります。

中小企業の場合、個人として手元に残るキャッシュも、会社に入るキャッシュも同様に事業資金として考え、運用されるケースもあることを考えると、M&Aでは株式譲渡を選択すべきではないかということができます。

ただし、株式譲渡では会社の経営権は失ってしまいますが、事業譲渡であれば会社は存続します。したがって、会社を存続させたい場合は事業譲渡しか選択肢がありません。最終的にはケースバイケースとなってしまいますが、この点も含め専門家とよく相談してください。

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M&Aでは、会社分割で適格要件を満たしている場合を除き税金が課されます。それ以外のどのM&A手法を選択するとしても、M&Aを実施する前に、あらかじめ税金対策など税務について考えておくことは肝要です。

また、本記事では概要を述べるのみにとどめましたが、M&Aの現場では資料や書類の作成、手続きの準備に面談や交渉など、発生する実務が数多くあります。税務の詳細とともにそれらをきちんと進めるには、信頼のおけるM&A専門家に依頼するのがベストです。

本記事の要点は、以下のようになります。

• 個人の場合は所得税と住民税、法人の場合は法人税

• 売却側に法人税、買収側に消費税

• 消費税は課税されない
• 適格分割の場合は非課税、非適格分割の場合は法人税